Hi,<br><br>If I use -ignh, that will ignore all the hydrogens in my input. And these hydrogens are added by the <a href="http://gromacs.in">gromacs.in</a> the first step of creating the top file.<br><br>Ram.<br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Jun 26, 2008 at 3:34 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
rams rams wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">
Dear Tsjerk,<br>
<br>
Thanks for the suggestion but when I use -merge command it says segmentation error. Let me put the problem in a more elaborated way.<br>
<br>
I am running this simulation on insulin. It has two chains &quot;a&quot; and &quot;b&quot; which are independent fragments but there are two inter disulphide bonds between the two chains. If I &nbsp;keep the two chains as a single molecule (as -merge command does) gromacs could recognize the inter dishlphide bonds but while running the following error appears:<br>

<br>
 &nbsp; &nbsp;396 &nbsp; &nbsp;398 &nbsp;113.3 &nbsp; &nbsp;0.1470 &nbsp; 0.2974 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1470<br>
 &nbsp; &nbsp;398 &nbsp; &nbsp;399 &nbsp; 93.1 &nbsp; &nbsp;0.1530 &nbsp; 0.4267 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1530<br>
 &nbsp; &nbsp;399 &nbsp; &nbsp;400 &nbsp; 45.5 &nbsp; &nbsp;0.1230 &nbsp; 0.1693 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1230<br>
 &nbsp; &nbsp;399 &nbsp; &nbsp;401 &nbsp; 46.5 &nbsp; &nbsp;0.1330 &nbsp; 0.1881 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1330<br>
Step= &nbsp; &nbsp;2, Dmax= 5.0e-03 nm, Epot= -3.06153e+22 Fmax= &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; inf, atom= 25<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun, VERSION 3.3.1<br>
Source code file: nsgrid.c, line: 226<br>
<br>
Range checking error:<br>
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br>
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br>
errors that give particles very high velocities you might end up with some<br>
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br>
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<br>
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br>
energy seems reasonable before trying again.<br>
<br>
Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 1000 ]<br></div>
Please report this to the mailing list (<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;)<br>

<br>
</blockquote>
<br>
When do you get this error (i.e., minimization, equilibration, production)? &nbsp;Usually this type of error comes up from a poorly minimized/equilibrated structure. <br>
I agree with Tsjerk that using -merge is the right way to form your disulfide, so I assume something else is going wrong during your system preparation. &nbsp;If you&#39;d like to provide details on what you&#39;re doing in terms of minimization/equilibration, and the contents of the relevant .mdp files, we may be able to detect problems.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">
Where as, if I keep these two as separate molecules it couldnt recognize the two inter disulphide bonds but its running. Now it is adding hydrogens to the sulhur atoms.<br>
<br>
Is there any way to fix this problem ? Is there any way to edit the topology file to remove the added hydrogen atoms ?<br>
<br>
Thanks<br>
Ram.<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
On Thu, Jun 26, 2008 at 10:26 AM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
 &nbsp; &nbsp;Hi Ram,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Check the option -merge of pdb2gmx.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Cheers,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Tsjerk<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;On Thu, Jun 26, 2008 at 6:11 AM, rams rams &lt;<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a><br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Dear Gromacs users,<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Is there any way to handle the disulphide bond formed between two<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; independent fragments of a protein ? Precisely it is an inter<br>
 &nbsp; &nbsp;disulphide<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; bond between two fragments. If I keep the two fragments as<br>
 &nbsp; &nbsp;separate objects<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; while preparing the pdb file (using TER between the two<br>
 &nbsp; &nbsp;fragments), gromacs<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; is not asking for the formation of a disulphide bond. If I keep<br>
 &nbsp; &nbsp;them as a<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; single object while preparing the input pdb, gromacs could<br>
 &nbsp; &nbsp;recognize the<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; disulphide bond but while running the energy minimization its<br>
 &nbsp; &nbsp;complaining<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; that the distances are too close.<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Is there any way to handle these ? I am also thinking like keep<br>
 &nbsp; &nbsp;them as<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; separate objects and imposing positional restraints on both the<br>
 &nbsp; &nbsp;sulphur<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; atoms. Is it all right to do that way ?<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Please suggest me some thing how to handle these ?<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Ram.<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp;before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;--<br>
 &nbsp; &nbsp;Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
 &nbsp; &nbsp;Junior UD (post-doc)<br>
 &nbsp; &nbsp;Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>
 &nbsp; &nbsp;Utrecht University<br>
 &nbsp; &nbsp;Padualaan 8<br>
 &nbsp; &nbsp;3584 CH Utrecht<br>
 &nbsp; &nbsp;The Netherlands<br>
 &nbsp; &nbsp;P: +31-30-2539931<br>
 &nbsp; &nbsp;F: +31-30-2537623<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>