<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' ><tr><td valign='top' style='font: inherit;'>I was wondering why the Hydrogens from the non N-terminus NH2 group in the uncharged Lysine molecule had charges of 0.36 as specified by gromacs(H1 and H2) when the Jorgensen published value for H's in RCH2NH2 was 0.35.&nbsp; All of the other charges in this molecule I have found in publications except for those.&nbsp; The overall charge of the molecule is 0.02 and if the H's were changed to 0.35 it would make the overall molecule uncharged.&nbsp; Would this alteration be valid?<br><br>This is part of the topol.top file.<br><br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 opls_900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.9<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.54<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; opls_283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; opls_292&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.11<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;
 opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.17<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.23<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; opls_287&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.07<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot
 0.26<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.59<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.92<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; opls_271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.62<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.82<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.02<br><br><br></td></tr></table><br>