
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">

<DIV>Hi all,</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>I am using gromacs 3.3.3, and have a specbond definition:</DIV>

<DIV>CHU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHV&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHV</DIV>

<DIV>This is recognised but not built:</DIV>

<DIV>7 out of 7 lines of specbond.dat converted successfully<BR>Special Atom Distance matrix:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHU5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C341<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHV9&nbsp;&nbsp;&nbsp; C472&nbsp;&nbsp; 0.134<BR>N-terminus: NH3+<BR>C-terminus: COO-<BR>Now there are 13 residues with 123 atoms<BR>Making bonds...<BR>Opening library file /home/users/ghermitage/gromacs/3.3.3/top/aminoacids.dat<BR>Number of bonds was 121, now 121</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>.top:</DIV>

<DIV>[ atoms ]</DIV>

<DIV>48&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.008</DIV>

<DIV>83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHV&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -2.016</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Indeed, the bond is not built. No bond connecting the two atoms appears in [ bonds ]</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>What to do?</DIV>

<DIV>Thanks.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>From ffgmx.rtp:</DIV>

<DIV>[ CHU ] </DIV>

<DIV>[ atoms ]</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.669&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.169&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.681&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.299&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.171&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 0.299&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 2</DIV>

<DIV>[ bonds ]</DIV>

<DIV>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O <BR>&nbsp;CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp; <BR>&nbsp;CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV><BR>[ CHV ] </DIV>

<DIV>[ atoms ]</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.669&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.169&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.681&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.299&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.171&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;

 C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0..299&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 2 </DIV>

<DIV>[ bonds ]</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp; </DIV></DIV></div><br>


      <hr size=1>

Get the name you always wanted with the <a href="http://au.rd.yahoo.com/mail/taglines/au/y7mail/default/*http://au.mail.yahoo.com/?p1=ni&p2=general&p3=tagline&p4=other" target=_blank>new y7mail email address</a>.</body></html>