<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
&nbsp; &nbsp;  1) I have embedded protein into popcbilayer<BR>
2) Energy minimisation <BR>
3) Later added ions by using genion, <BR>
4) When I am trying to run minimisation its showing following sentences<BR>
<BR>
 Stepsize too small, or no change in energy.<BR>
Converged to machine precision,<BR>
but not to the requested precision Fmax &lt; 100<BR>
<BR>
Double precision normally gives you higher accuracy.<BR>
You might need to increase your constraint accuracy, or turn<BR>
off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)<BR>
<BR>
writing lowest energy coordinates.<BR>
<BR>
Steepest Descents converged to machine precision in 49 steps,<BR>
but did not reach the requested Fmax &lt; 100.<BR>
Potential Energy&nbsp; = -2.1825061e+05<BR>
Maximum force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 4.3672461e+03 on atom 7008<BR>
Norm of force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 5.5597691e+04<BR>
<BR>
<BR>
my .mdp file is<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = /usr/bin/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; none<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 500<BR>
;<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Energy minimizing stuff<BR>
;<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 100<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
<BR>
When I run minimisation before adding ions it ran fine but later not why?<BR>
I have searched about solve this problem in archives list and I understood that this not an error. Can I proceed further simulations<BR>
Any comments will be appreciated. <BR>
<BR>
Thanks in advance.<BR>
<BR>
<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2206011_2198391/2201012/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206011_2198391/creative_2201012.gif'  alt='Tata'  border=0></a></td></TR></Table>