<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' ><tr><td valign='top' style='font: inherit;'>This is a link to a table for the OPLS parameters showing the 0.35 for the Hydrogens in the RNH2&nbsp; group (not RCH2NH2--my mistake). It is Table 2 on page 64. Again, my question is why Gromacs&nbsp; uses 0.36 for the hydrogens in the non n-terminus NH2 group of the uncharged lysine molecule when the published value shows 0.35??<br><br><span class="a">zarbi.chem.yale.edu/doc/boss46.pdf </span><br><br>--- On <b>Sat, 6/28/08, Joseph Schwartz <i>&lt;joedogt2@yahoo.com&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">From: Joseph Schwartz &lt;joedogt2@yahoo.com&gt;<br>Subject: [gmx-users] Uncharged Lysine Charges on Hydrogens from NH2 group 0.36??<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Saturday, June 28, 2008, 11:36 AM<br><br><div id="yiv1639193968"><table border="0" cellpadding="0"
 cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">I
was wondering why the Hydrogens from the non N-terminus NH2 group in
the uncharged Lysine molecule had charges of 0.36 as specified by
gromacs(H1 and H2) when the Jorgensen published value for H's in
RCH2NH2 was 0.35.&nbsp; All of the other charges in this molecule I have
found in publications except for those.&nbsp; The overall charge of the
molecule is 0.02 and if the H's were changed to 0.35 it would make the
overall molecule uncharged.&nbsp; Would this alteration be valid?<br><br>This is part of the topol.top file.<br><br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 opls_900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.9<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.54<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; opls_283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; opls_292&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.11<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;
 opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.17<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.23<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; opls_287&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.07<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot
 0.26<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.59<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.92<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; opls_271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.62<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.82<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.02<br><br><br></td></tr></tbody></table><br>

      </div><pre>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</pre></blockquote><br><br>--- On <b>Sat, 6/28/08, Joseph Schwartz <i>&lt;joedogt2@yahoo.com&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">From: Joseph Schwartz &lt;joedogt2@yahoo.com&gt;<br>Subject: [gmx-users] Uncharged Lysine Charges on Hydrogens from NH2 group 0.36??<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Saturday, June 28, 2008, 11:36 AM<br><br><div id="yiv1639193968"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td
 style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">I was wondering why the Hydrogens from the non N-terminus NH2 group in the uncharged Lysine molecule had charges of 0.36 as specified by gromacs(H1 and H2) when the Jorgensen published value for H's in RCH2NH2 was 0.35.&nbsp; All of the other charges in this molecule I have found in publications except for those.&nbsp; The overall charge of the molecule is 0.02 and if the H's were changed to 0.35 it would make the overall molecule uncharged.&nbsp; Would this alteration be valid?<br><br>This is part of the topol.top file.<br><br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 opls_900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.9<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.54<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; opls_283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; opls_136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; opls_292&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.11<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;
 opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.17<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.23<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; opls_287&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.07<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot
 0.26<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.59<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.92<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; opls_271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.62<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.82<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.02<br><br><br></td></tr></tbody></table><br>

      </div><pre>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</pre></blockquote></td></tr></table><br>