is that fine if i change the SOL number in the top file created at the first step ?<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 30, 2008 at 1:50 PM, rams rams &lt;<a href="mailto:rams.crux@gmail.com">rams.crux@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">Here&#39;s where your problem is. &nbsp;This step is unnecessary! &nbsp;Once you have
the topology, there is no need to re-process with pdb2gmx. &nbsp;Once you
have added solvent and ions, simply make the changes to your topology
with a text editor.<br><br></div>Could you explain what changes I should make in the topology file ??<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 30, 2008 at 1:44 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><br>
<br>
rams rams wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Justin,<br>
<br>
I am absolutely sorry for the discomfort. Since this is the first time I am using Gromacs, so things are not clear to me so I am trying things very randomly thats why I could not keep update the things. Here I restarted every thing and have a look at and let me know your suggestions:<br>


<br>
pdb2gmx -f insu.pdb -p insu_p.top -o insu_p.pdb –ter –merge<br>
<br>
(since I removed all the hydrogens in my starting insu.pdb so didnt used -ignh here)<br>
</blockquote>
<br></div>
Well, assuming you have all the correct hydrogens in the right place, that&#39;s fine, but in general, it is very easy to let pdb2gmx do the work for you and use -ignh. &nbsp;If it generated the topology for you, then that&#39;s fine.<div>

<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
editconf -f insu_p.pdb -o insu_pb.pdb -box 6.0 6.0 6.0 -center 3.0 3.0 3.0<br>
<br>
genbox -cp insu_pb.pdb -cs spc216.gro -o insu_pw.pdb -p insu_p.top<br>
<br>
grompp -f eminimization.mdp -c &nbsp;insu_pw.pdb -p insu_p.top -o MM_insu.tp<br>
<br>
genion -s MM_insu.tpr -o insu_pwi.pdb -conc 0.008 –neutral<br>
<br>
pdb2gmx -f insu_pwi.pdb -p insu_pwi.top -o insu_pwi2MM.pdb -inter –merge -ignh<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Here&#39;s where your problem is. &nbsp;This step is unnecessary! &nbsp;Once you have the topology, there is no need to re-process with pdb2gmx. &nbsp;Once you have added solvent and ions, simply make the changes to your topology with a text editor.<div>

<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
grompp -f eminimization.mdp -c insu_pwi2MM.gro -p insu_pwi.top -o MM_insu.tpr<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
It has already been correctly pointed out by another user that you specified -o .pdb in the above step, but then called for the .gro equivalent here. &nbsp;That would be a problem.<br>
<br>
Basically, once the genion step is done, and you have made the appropriate changes to the topology (which can also be done with the -p flag of genion), then proceed to grompp.<br>
<br>
This makes much more sense, and it is easier to get help when it is clearly presented like this!<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>
<br>
The following is the error:<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.6#<br>
checking input for internal consistency...<br>
calling /lib/cpp...<br>
processing topology...<br>
Generated 716 of the 2628 non-bonded parameter combinations<br>
Generating 1-4 interactions: fudge = 1<br>
Generated 1046 of the 2628 1-4 parameter combinations<br>
Excluding 3 bonded neighbours for Protein 1<br>
turning all bonds into constraints...<br>
Excluding 2 bonded neighbours for SOL 6878<br>
turning all bonds into constraints...<br>
NOTE:<br>
 &nbsp;System has non-zero total charge: -2.000000e+00<br>
<br>
processing coordinates...<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 3.3.1<br>
Source code file: futil.c, line: 340<br>
<br>
File input/output error:<br>
insu_pwi2MM.gro<br>
<br>
<br>
Ram.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br></div><div><div></div><div>
On Mon, Jun 30, 2008 at 6:45 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
 &nbsp; &nbsp;It would be helpful if all of this was on one thread, with replies<br>
 &nbsp; &nbsp;embedded. &nbsp;I have sent several replies to your questions, all of<br>
 &nbsp; &nbsp;which have gone unacknowledged. &nbsp;It makes it very difficult for<br>
 &nbsp; &nbsp;anyone (myself or someone else) to give advice if we don&#39;t know<br>
 &nbsp; &nbsp;what you&#39;re doing or what you&#39;ve tried. &nbsp;Even if something didn&#39;t<br>
 &nbsp; &nbsp;work based on what I, or anyone else, tells you, it is nice to<br>
 &nbsp; &nbsp;know that &quot;I tried this, but I still have a problem, which is<br>
 &nbsp; &nbsp;shown here: (exact error/warning/problem).&quot;<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;As I&#39;ve said before, exact procedural details of what you&#39;ve done<br>
 &nbsp; &nbsp;are essential for sorting out strange problems like this. &nbsp;This<br>
 &nbsp; &nbsp;means - *exact* (copy and paste) command lines from pdb2gmx, and<br>
 &nbsp; &nbsp;any error messages you receive. &nbsp;Also, any manipulations you have<br>
 &nbsp; &nbsp;made to your input .pdb file. &nbsp;It seems to me that you&#39;ve probably<br>
 &nbsp; &nbsp;edited your file to have only one chain identifier, and hence why<br>
 &nbsp; &nbsp;pdb2gmx is trying to make everything one molecule.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;The -merge option of pdb2gmx is what you want (see pdb2gmx -h).<br>
 &nbsp; &nbsp; If the following command line doesn&#39;t work, it would be nice to<br>
 &nbsp; &nbsp;see an exact reason (i.e., copy/paste from the<br>
 &nbsp; &nbsp;error/warning/whatever):<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;pdb2gmx -f (input).pdb -ignh -ter -merge<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;I got the above to work perfectly on an insulin structure I found<br>
 &nbsp; &nbsp;in the RCSB (1ZNI), after deleting chains C and D from the .pdb<br>
 &nbsp; &nbsp;file. &nbsp;If your structure continues to give you headaches, try this<br>
 &nbsp; &nbsp;one to make sure that your Gromacs installation is working<br>
 &nbsp; &nbsp;properly (something I inquired about several days ago...)<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;rams rams wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HI,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;When I use the merge command along with pdb2gmx to form inter<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;disulphide bonds between two different chains, its removing a<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;water molecule to connect the two ends. Its like forming a<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;peptide bond which I dont wish. Is there any way to tell to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gromacs, to create the inter dishulphide bonds without<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;creating the peptide bond between the two chains ?<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On Fri, Jun 27, 2008 at 6:51 PM, rams rams<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a>&gt;<br></div></div><div><div></div><div>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I have three di sulphide bonds in my crystal structure. In the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; topology file it left blanks at the corresponding sulphur<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; connectivities (i.e., values corresponding to gb_, ga_. gd_ ).<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; When I try to create the .tpr file it complains the following:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; processing topology...<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Generated 716 of the 2628 non-bonded parameter combinations<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Generating 1-4 interactions: fudge = 1<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Generated 1046 of the 2628 1-4 parameter combinations<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 1 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 607]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default G96Bond types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 2 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 745]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default G96Bond types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 3 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2008]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default G96Angle types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 4 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2209]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default G96Angle types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 5 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2345]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default G96Angle types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 6 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2512]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default G96Angle types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 7 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2748]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default Proper Dih. types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 8 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2820]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default Proper Dih. types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 9 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2863]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default Proper Dih. types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING 10 [file &quot;insu_pwi.top&quot;, line 2919]:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; No default Proper Dih. types, using zeroes<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Cleaning up temporary file gromppID2O6e<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Program grompp, VERSION 3.3.1<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Source code file: fatal.c, line: 416<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fatal error:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Too many warnings, /usr/local2/gromacs/bin/grompp terminated<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &quot;Encountered Subspace Anomaly&quot; (Star Trek)<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; MD_insu.tpr was not created. Check for errors. Exiting ...<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Is there a way to fix it ? Also what are those b_, ga_. gd_<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; corresponds to ??<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Ram.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br></div>
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>