<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
&nbsp; &nbsp;  I have embedded protein into POPC bilayer, I accomplished energy minimisation <BR>
<BR>
em.mdp file<BR>
<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = /usr/bin/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; -DFLEXIBLE<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; none<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 500<BR>
<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Energy minimizing stuff<BR>
;<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 100<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.4<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
<BR>
its showed following sentences<BR>
<BR>
Stepsize too small, or no change in energy.<BR>
Converged to machine precision,<BR>
but not to the requested precision Fmax &lt; 100<BR>
<BR>
Double precision normally gives you higher accuracy.<BR>
<BR>
writing lowest energy coordinates.<BR>
<BR>
Steepest Descents converged to machine precision in 104 steps,<BR>
but did not reach the requested Fmax &lt; 100.<BR>
Potential Energy&nbsp; = -2.2754422e+05<BR>
Maximum force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 2.3355256e+03 on atom 913<BR>
Norm of force&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 9.4749170e+03<BR>
<BR>
gcq#191: &quot;These Gromacs Guys Really Rock&quot; (P.J. Meulenhoff)<BR>
<BR>
&nbsp; So I dont boughter about those sentences because I confirmed in list archives that I can proceed further steps and moreover em.gro file is&nbsp; &nbsp; &nbsp;  fine, so I went for restrain, here I am getting abnormal POPC structure <BR>
means POPC tails are tilting, water molecules structure also disturbed.<BR>
<BR>
Could you please tell me where iam doing mistake?<BR>
<BR>
my pr.mdp filetitle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp;  protein in popc restrained<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; -DPOSRES_protein<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; all-bonds<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; md<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp; &nbsp; ; ps !<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 10000&nbsp; &nbsp; ; total 50 ps.<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 50<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1000<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 10<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 10<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 10<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.9<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; PME<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.4<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; xyz<BR>
; Berendsen temperature coupling is on in three groups<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Berendsen<BR>
tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; POPC&nbsp; &nbsp; Protein&nbsp;  SOL_CL-<BR>
tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.1<BR>
ref_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 310&nbsp; &nbsp; &nbsp; 310&nbsp; &nbsp; &nbsp;  310<BR>
; Anisotropic pressure coupling is now on<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
pcoupltype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; anisotropic<BR>
tau_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0&nbsp; &nbsp;  1.0&nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
compressibility&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 4.5e-5&nbsp;  4.5e-5&nbsp; 4.5e-5&nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
ref_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0&nbsp; &nbsp;  1.0&nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
; Energy monitoring<BR>
energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; POPC&nbsp;  Protein&nbsp;  SOL_CL-<BR>
; Generate velocites is on at 300 K.<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; yes<BR>
gen_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 310.0<BR>
gen_seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 173529<BR>
<BR>
Thanks in advance.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
 
</P>
<br><br>