<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' ><tr><td valign='top' style='font: inherit;'>Hello,<br><br>trying to implement my force field into gromacs I have figured out that it is of vital importance to use diferrent cut-offs among different kind of atoms. <br><br>I have 1-4 and 1-5 interactions with a set of epsilon and sigma parameters and the non bonded interactions (more than 4 bonds appart) with a different set. Every interaction among different type of atoms have different rvdw-switch and rvdw cutoffs.<br><br>As a result I have to use a tabulated potential both for 1-4 and 1-5 interactions AND non-bonded interactions (1-6 and above). My question is how is it possible someone to do that in gromacs. How gromacs would be able to discern whether the interaction is 3 or 4 bonds appart OR more than 4 bonds?<br><br>In case I cannot use tabulated potential for the interactions I'm
interested in, could I keep the pair interactions as they are up to now
under the pairs section and use at least tabulated potential for the
non-bonded interactions?<br><br>In any case of the above what would be the meaning of rvdw-switch and rvdw cutoffs in the mdp file?<br><br>The number of different interactions I have are 6. Is it possible while tabulating the non-bonded interactions to have both energy and pressure correction? <br><br>I have also seen that I can use reduced parameters (eplsilon and sigma) for all the non-bonded interactions, yet (correct me if I'm wrong) I do not think that this solves the problem of different cutoffs. That way only one interaction would have the correct cutoff.<br><br>Unfortunately all my efforts up to now with one global cutoff don't bring the anticipated results.<br><br>Thank you in advance,<br>Nikos<br></td></tr></table><br>


      <hr size=1>
Unglücklich mit Ihrer Mail-Adresse?
<br>
Registrieren Sie Ihre Wunschmailadresse@ymail.com
<br>
<a href=http://de.docs.yahoo.com/mail/wunschmailadresse/index.html target=_new>
Millionen neuer Mail-Adressen - jetzt bei Yahoo!</a>