Dear users,<br><br>Thanks a lot to Justin and a few others who really helped me in successfully running insulin. Now, I am trying to setup&nbsp; the input file for insulin with other enzyme and I am trying to merge the two chains of insulin. I am using the following command:<br>
<br>pdb2gmx -f insu.pdb -p insu_p.top -o insu_p.pdb -inter -merge -ignh<br><br>it is asking whether to merge (A &amp;B, B&amp;C). I allowed it to merge B&amp;C they are insulin chains and A is the rest of the enzyme. With the above command after adding all the protons to LYS etc.., it complains the folling:<br>
<br>Segmentation fault: pdb2gmx -f insu.pdb -p insu_p.top -o insu_p.pdb -inter -merge -ignh<br><br>It says like its creating the pdb and top files but nothing it could.<br><br>The same command works fine if I remove -merge and its also worked well with insulin chains.<br>
<br>I have enough space to run this too.<br><br>Please let me know the suggestions.<br><br>Ram.<br>