Take a look at John Kerrigan&#39;s tutorial?<br>
<br>
<a href="http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/gmx.pdf">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/gmx.pdf</a><br>
<br>
And as said Justin, &quot;There is no mention of Gromos87 in the topology line&quot;.<br>
<br>
Diego.<br>
<br><br><div class="gmail_quote">2008/7/6 h a &lt;<a href="mailto:y600100@gmail.com">y600100@gmail.com</a>&gt;:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<font size="2">Yea I used the beta version and chose the force field GROMOS96.1. But after I run the server I get this output<br>&nbsp;Output example for the input thf.pdb<br><br>*********************************<br>PRODRG&gt; Starting up PRODRG version AA080107.0543<br>

PRODRG&gt; Parameter set &#39;pd/gromos96&#39; (fftype=2).<br>PRODRG&gt; PDB mode detected.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen(s) from your input.<br>PRODRG&gt; Molecule complexity index: 2.00.<br>PRODRG&gt;&nbsp;&nbsp; 8 hydrogen(s) added.<br>

PRODRG&gt; Using charge groups.<br>PRODRG&gt; Net charge on molecule:&nbsp;&nbsp; 0.000<br>PRODRG&gt;&nbsp;&nbsp; 9 partial charges&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 ambiguous<br>PRODRG&gt;&nbsp; 13 bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 ambiguous<br>PRODRG&gt;&nbsp; 25 bond angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 ambiguous<br>

PRODRG&gt;&nbsp;&nbsp; 4 improper dihedrals&nbsp;&nbsp; 0 ambiguous<br>PRODRG&gt;&nbsp;&nbsp; 5 dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 ambiguous<br>PRODRG&gt; Writing GROMACS topology.<br>PRODRG&gt; GROMACS topology quality on 0-10 scale:&nbsp; 7.8<br>GENDRG&gt; Best structure was iteration 3211 with&nbsp;&nbsp; 3.20067739<br>

PRODRG&gt; Spawning GROMACS version <a href="http://3.3.3." target="_blank">3.3.3.</a>..<br>PRODRG&gt; RMSD from GROMOS bond ideality (Angstrom) :&nbsp;&nbsp; 0.003<br>PRODRG&gt; RMSD from GROMOS angle ideality (degrees) :&nbsp;&nbsp; 2.895<br>
PRODRG&gt; RMSD from GROMOS plane ideality (degrees) :&nbsp;&nbsp; 5.553<br>
PRODRG&gt; Number of improper improper dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>PRODRG&gt; RMSD from starting bonds (Angstrom)&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 0.011<br>PRODRG&gt; RMSD from starting angles (degrees)&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 0.464<br>PRODRG&gt; RMSD from starting planes (degrees)&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 0.000<br>

PRODRG&gt; RMSD from starting coords (Angstrom) :&nbsp;&nbsp; 0.012<br>PRODRG&gt; Writing: SCRTHOWMMPG<br>PRODRG&gt; Normal program end.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><br><br>Click to go to the following output:<br><br>&nbsp; Coordinates<br># PDB (all H&#39;s [D][V], polar/aromatic H&#39;s [D][V], polar H&#39;s only [D][V] or no H&#39;s [D][V])<br>

# MDL Molfile (all H&#39;s [D][V], polar H&#39;s only [D][V] or no H&#39;s [D][V])<br># GROMOS87/GROMACS (all H&#39;s [D], polar/aromatic H&#39;s [D] or polar H&#39;s only [D])<br>.<br>.<br>.<br>.<br>.<br><br></font><font size="2"><a name="11af74890119817b_DRGAPH.GRO"><span>The GROMOS87/GROMACS coordinate file (polar/aromatic hydrogens)<br>

.<br>.<br>.<br>.<br>.<br></span></a><a name="11af74890119817b_DRGFIN.GRO">
<span>The GROMOS87/GROMACS coordinate file (all hydrogens)<br>.<br>.<br>.<br></span>
<span></span></a><a name="11af74890119817b_DRGGMX.ITP">The GROMACS topology<br>.<br>.<br>.<br>.<br>.<br>*********************<br><br></a><a name="11af74890119817b_DRGAPH.GRO"></a></font><font size="2"><a name="11af74890119817b_DRGAPH.GRO"></a>It says that &quot;parameter set &#39;pd/gromos96&#39; &quot; (in second line) but output was gromos87 coordinate files, topology files :( . can anybody explain why did this happen ? am I missing anything ?<br>

<br>thank you,<br><br>harshith<br><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
Are you sure you used prodrg beta?<br><br><a href="http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta" target="_blank">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta</a><br><br><br>
2008/7/4, h a &lt;<a href="mailto:y600100@gmail.com" target="_blank">y600100@gmail.com</a>&gt;:<br>
&gt;<br>
&gt; Dear users,<br>
&gt;<br>
&gt; I am modeling polymer surface. I need topology for polystyrene. I used<br>
&gt; prodrg earlier version and beta version but in both cases I get topology<br>
&gt; for only GROMOS87 force field. Can not I get topology for force filed<br>
&gt;<br>
&gt; GROMOS96 ?<br>
&gt;<br>
&gt; also can anybody let me know what is .itp file for GOMOS87 force filed ( I<br>
&gt; mean similar to &quot;GROMOS96 -&gt; ffG43a1.itp&quot; )<br>
&gt;<br>
&gt; thank you,<br>
&gt;<br>
&gt; Sincerely<br>
&gt; -------<br>
&gt; A.Harshith(Y6001)<br>
&gt;<br>
&gt; department of Bio Science and Bioengineering,<br>
&gt; IIT Kanpur, India.<br>
&gt; <a href="http://home.iitk.ac.in/%7Eharshith" target="_blank">http://home.iitk.ac.in/~harshith</a> &lt;<a href="http://home.iitk.ac.in/%7Eharshith" target="_blank">http://home.iitk.ac.in/%7Eharshith</a>&gt;<br>
&gt;</font>



<br>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
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