Dear GMX Users, <br><br>I am trying to set up a simulation box with two proteins. I have perused the archives about the methodology of doing so. I tried the recommended option of changing the number of protein molecules in the topology file to 2. However when I run grompp after editconf and genbox, I get warning that the number of co -ordinates do not match (since I had not updated the number of solvent molecules ...) After updating the number of solvent molecules, when I try running grompp again, it shows a warning that the 23644 atom names do not match in top and gro files and that atom names from top files are being chosen . <br>
<br>Upon subsequent mdrun, the system explodes after a 1-4 interaction warning. <br><br>I was wondering whether anyone could help me out on this ... I do understand that the topic has been discussed pretty often but would appreciate any help ...<br>
<br><br>Cheers<br><br>Kartik <br><br>PS: I have not yet tried the other suggestion of translation and rotation followed by concatenating the two files<br><br><br>