Hello,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I want to analyze the deuterium order parameter of a system contains DPPC, sphingomyelin(SM) and cholesterol(CHOL) and water(SOL). I read from the prevous mail that I have to make index file for sn1 and sn2. <br>
Now, my first question&nbsp; is what the meaning of sn1 and sn2 is. How can I assign from the .pdb file of the total system.<br>&nbsp;make_ndx -f dppc20-sm20-cholesterol20-water200tolerance3-bilayer50x50x54.pdb <br>&nbsp; 0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 3180 atoms<br>
&nbsp; 1 DPP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 1000 atoms<br>&nbsp; 2 SM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 1000 atoms<br>&nbsp; 3 CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 580 atoms<br>&nbsp; 4 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 600 atoms<br><br>&nbsp;nr : group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; !&nbsp;&nbsp; &#39;name&#39; nr name&nbsp;&nbsp; &#39;splitch&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; Enter: list groups<br>
&nbsp;&#39;a&#39;: atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &amp;&nbsp;&nbsp; &#39;del&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;splitres&#39; nr&nbsp;&nbsp; &#39;l&#39;: list residues<br>&nbsp;&#39;t&#39;: atom type&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; &#39;keep&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;splitat&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;h&#39;: help<br>&nbsp;&#39;r&#39;: residue&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;res&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;chain&#39; char<br>
&nbsp;&quot;name&quot;: group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;case&#39;: case sensitive&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;q&#39;: save and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I understand that after giving the make_ndx command, I have to use above of these command ( a, t r ). But what are the full command so that I can make clear nice index file for the analysis of deuterium order parameter.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In my case, for the the numbering of DPPC is like that : two tail starts from C13 to C31 and C13 to C50;<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; SM is like that: two tails starts from C13 to C32 and C13 to C50;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CHOL is like that : OH group is at 6 &amp; 7and small tail comes from C21 to C29.<br>Can you write the full command so that I can clearly understand clearly.<br>
Because, the next step I know that is <br>g_order -f name.trr -n index.ndx -s topol.tpr -od<br>&nbsp;&nbsp; <br>Please, can you give the answer for me ?<br>&nbsp;Sincerely,<br>Anirban<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
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