thankyou Justin for your response. The gmxcheck output is as follows   Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180 time&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;  Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 190 time&nbsp; 190.000&nbsp;&nbsp;  Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200 time&nbsp; 200.000 | | Distance between atoms 2208 and 2210 is 0.000, should be 0.136 Distance between atoms 2208 and 2209 is 0.000, should be 0.123 | |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;   Distance between atoms 8864 and 8867 is 0.000, should be 0.100 Distance between atoms 8864 and 8866 is 0.000, should be 0.100 | | ------------------------------------------------------- Program gmxcheck, VERSION 3.3.3 Source code file: ../../../src/gmxlib/trnio.c, line: 66 File input/output error: Can not determine precision of trn file trjconv output is  Will write xtc: Compressed trajectory (portable xdr format) trn version: GMX_trn_file (double precision) Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;  Setting output precision to 0.001 (nm) ------------------------------------------------------- time&nbsp; 570.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  Program trjconv, VERSION 3.3 Source code file: trnio.c, line: 66 File input/output error: Can not determine precision of trn file ------------------------------------------------------- Is the system crashing after running for a while? Is there anyway, I can use the .trr result or do I need to give mdrun again? Thanks &amp; regards, Prema. &gt;  &gt; Message: 1 &gt; Date: Mon, 07 Jul 2008 20:49:00 -0400 &gt; From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] Error:Cannot determine precision of trn file &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; &gt; Message-ID: &lt;4872B97C.7030401@vt.edu&gt; &gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed &gt;  &gt; What does gmxcheck tell you about these .trr files? &gt;  &gt; Also, it is better to give exact command lines with copy-pasted  &gt; screen  &gt; output, instead of leaving us to guess at what you're trying. &gt;  &gt; -Justin &gt;  &gt; plmallip@mail.uh.edu wrote: &gt; &gt; Dear colleagues, &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I successfully finished a 3 ns gromacs run using 40  &gt; &gt; nodes.&nbsp; When, I tried to convert .trr file to .xtc using  &gt; trjconv, the  &gt; &gt; run stops at 560 frame giving error "cannot determimine  &gt; precision of  &gt; &gt; trn file". I tried various options like -skip, -b and -e, -dt  &gt; option  &gt; &gt; as well as -ndx option . But, each time, the run stops at 560.  &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The second run I gave for 6 ns and this time, the  &gt; &gt; trjconv stops at 1180 frame. I have observed the .trr files  &gt; occupying  &gt; &gt; huge memory space - 18 G for 3ns and 34 G for 6 ns runs  &gt; respectively.  &gt; &gt; Memory is not a problem, as I have lot of disk space available. &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; My system is a pentamer  &gt; with 1052 residues and 47201 water  &gt; &gt; molecules.The simulation ran for 5 days. &gt; &gt; &gt; &gt; I would be extremely thankful for any kind of suggestions in  &gt; this regard. &gt; &gt; &gt; &gt; Prema, &gt; &gt; Graduate student, &gt; &gt; University of Houston.