<div>thanks Justin for your help</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>i have used g_energy just now ,and it shows:</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>temperature 290.358</div>
<div>T-DMSO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 290.420</div>
<div>T-SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 290.306</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">2008/7/9, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">What does g_energy tell you (from the .edr file)? Note the output of<br>g_traj -h: &quot;No corrections are made for constrained degrees of freedom!&quot;<br>
If you&#39;re applying constraints, that may have some effect on the result.<br>Also, you should have been able to see the system temperature the whole<br>time during the simulation in the .log file - what does it say?<br>
<br>-Justin<br><br>wang kelvin wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi<br>&gt;<br>&gt; I am doing simulation of the mixture of DMSO and water . I put 512<br>&gt; DMSO moleculers and 917 water moleculers in a box . The given<br>&gt; temperature is 290K , and pressure is 1 bar .<br>
&gt;<br>&gt; After simulation completed , I used g_traj to produce xvg file , then<br>&gt; I saw that simulation gave a temperatue result of about 200K.<br>&gt;<br>&gt; Some documents tell me DMSO simulation usually gives 5-7 K lower than<br>
&gt; you have given in mdp file ,e.g. if you give 300K in mdp file , but<br>&gt; simulation result gives 295 K .<br>&gt;<br>&gt; I wonder why my simulation gave so low temperture ,any hints is<br>&gt; appreciated.<br>&gt;<br>
&gt; Part of my mdp file:<br>&gt;<br>&gt; Tcoupl = berendsen<br>&gt;<br>&gt; tau_t = 0.1 0.1<br>&gt;<br>&gt; tc-grps = DMSO SOL<br>&gt;<br>&gt; ref_t = 290 290<br>&gt;<br>&gt; ; Pressure coupling is not on<br>&gt;<br>&gt; Pcoupl = parrinello-rahman<br>
&gt;<br>&gt; tau_p = 0.5<br>&gt;<br>&gt; compressibility = 4.5e-5<br>&gt;<br>&gt; ref_p = 1.0<br>&gt;<br>&gt; ; Generate velocites is on at 190 K.<br>&gt;<br>&gt; gen_vel = yes<br>&gt;<br>&gt; gen_temp = 290.0<br>&gt;<br>
&gt; gen_seed = 173529<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>--<br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Graduate Research Assistant<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>