<table cellspacing='0' cellpadding='0' border='0' ><tr><td valign='top' style='font: inherit;'>Hello,<br><br>I would like to know the potential that the atoms under the pairs section are using. For that reason, I tried to test the most simple of systems, that is a two hydrogen system atom model.<br><br>The sigma in my pairs section is 0.23160nm, yet I do not observe the pairs potential to be zero in that value. My table extension is 5nm and my box size 50nm in any side. <br><br>The potential becomes zero for the second time, when the distance becomes equal to the value of the table extension parameter. Now, if the pairs are using lennard jones potential, I think that the first zero point (of the LJ-14 output) should be at a distance equal to the sigma value under the pairs section. I get zero neither there nor in the sigma of the nonbond_params nor in rvdw-switch values.<br><br>I do not think that the pairs potential is a shifted one either because I get
 a wave like function till the potential becomes zero at the table extension value. Could you shed some light on this, because up to now in this section gromacs is a black box to me.<br><br>Thank you,<br>Regards!<br><br>PS:Sorry for any double posting due to network problems<br></td></tr></table><br>



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