<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">Hi </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">I am doing simulation of the mixture of DMSO and water . I put 512 DMSO moleculers and 917 water moleculers in a box . The given temperature is 290K , and pressure is 1 bar . </font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">After simulation completed , I used g_traj to produce xvg file , then I saw that simulation gave a temperatue result of about 200K.</font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">Some documents tell me DMSO simulation usually gives 5-7 K lower than you have given in mdp file ,e.g. if you give 300K in mdp file , but simulation result gives 295 K . </font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">I wonder why my simulation gave so low temperture&nbsp;,any hints is appreciated.</font></span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>

<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman"></font></span>&nbsp;</div>
<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">Part of my mdp file:</font></span></div>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">Tcoupl<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= berendsen</font></span></p>

<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">tau_t<span style="mso-tab-count: 4">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 0.1 0.1</font></span></p>

<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">tc-grps<span style="mso-tab-count: 3">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= DMSO SOL</font></span></p>

<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">ref_t<span style="mso-tab-count: 4">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 290 290</font></span></p>

<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">; Pressure coupling is not on</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">Pcoupl = parrinello-rahman</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">tau_p = 0.5</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">compressibility = 4.5e-5</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">ref_p = 1.0</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">; Generate velocites is on at 190 K.</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">gen_vel = yes</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">gen_temp = 290.0</font></span></p>
<p class="MsoPlainText" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US" style="mso-hansi-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: 宋体"><font face="宋体">gen_seed = 173529</font></span></p>
<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></div>
<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman"></font></span>&nbsp;</div>
<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman"></font></span>&nbsp;</div>