<div>i think you should modify force field if GROMACS&#39;s force field parameters are gotten from condensed matter with relativly high density&nbsp;,when your simultaion is on gas phase. so you should check GROMACS&#39;s force field files in top directory first. </div>

<div>&nbsp;</div>
<div>just a suggestion , i am also new to GROMACS simulation . if&nbsp; you use force field parameters from high density state, obviously it is not physically reasonable . </div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">2008/7/4, Chih-Ying Lin &lt;<a href="mailto:chihying2008@gmail.com">chihying2008@gmail.com</a>&gt;:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi<br>to simulate the gas phase system, before running MD on the gas phase system<br><br>I have to use the &quot;editconf&quot; command.<br>
But, I DO NOT&nbsp;&nbsp;use &quot;genbox&quot; command.<br><br>Right??<br><br>thanks<br>Lin<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>