hello,<br>i would like to generate a TFE solvent box for my simulation.I have created a pdb file containing the 1000 TFE molecules in the cubic cell having dimension 40.Now i want to convert it into gro file and call it in the gromacs simulation .<br>
can any one help me in generating gro file of TFE.I have &quot;tfe.itp&quot; file.<br>Should I change something in the *.rtp file.<br>I tried using PRODRG but it has limitations of only 300 atoms.<br>I am gettin error like this<br>
PRODRG cant model most non carbon -halogen bonds<br>can any one help me in getting gro file for TFE.<br>Thanx in advance<br>