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<div class=Section1>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'>Dear all,<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'>I wonder if a negative Phe molecule is parametrized in

gromos96 FF properly. I used<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'>pdb2gmx &#8211;f phe.pdb &#8211;o phe.gro &#8211;p phe.top

&#8211;ter<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'>I selected &#8220;1: NH2&#8221; for N-terminus and &#8220;0:

COO-&#8221; for C-terminus. But the phe.top obtained is not correct<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>[ atoms ]<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>;&nbsp;&nbsp;

nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp;

atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;

chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.83&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ;

qtot -0.83<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.415&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.415&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.415&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.315<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

-0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.315<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

&nbsp;HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

-0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.315<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;

&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

-0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.315<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

-0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.315<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.415<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.685<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot

0.05<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal style='text-indent:24.0pt'><font size=2 face="Courier New"><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot

-0.585<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;

font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;

font-family:"Courier New"'>The N-terminus is still NH3, not NH2, and the total

charge of the system is -0.585, not -1. I realized that if I removed one of

first 3 H atoms manually, then the total charge is -1. But I think it should be

not so simple. Anyone can give some clues on this? I just want to produce the

topology file of a negative Phe molecule in Gromos99 FF.</span></font><font

size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'>Best wishes,</span></font><o:p></o:p></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Arial'>Zhongqiao</span></font><o:p></o:p></p>


<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:

12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


</div>


</body>


</html>