Dear GROMACS users,<br>
I am new to gmx-users.<br>
<br>
I am analysing the H-bonding in my trajectory with the tool <span style="font-weight: bold;">g_hbond</span>.<br>
The trajectory was generated by the AMBER force fields. <br>
Now I have converted the AMBER prmtop and inpcrd files to GROMACS .top and .gro files.<br>
<br>
When I performed the g_hbond, I encountered with a fatal error<br>
<br>
<span style="font-weight: bold;">Your computational box has shrunk too much.</span><br style="font-weight: bold;">
<span style="font-weight: bold;">g_hbond can not handle this situation, sorry</span>.<br>
<br>
Also I checked the postings in the archive related to this problem, but I didnt get the solution completely.<br>
So is it a problem of my AMBER traj./pdb files I am using or it some thing else.<br>
Can anyone will help me in this regard to get the solution ?<br>
<br>
Thanks in advance for your kind suggestions.<br>
<br>
BRM<br>