<P>
&nbsp; <BR>
Hi Users, <BR>
&nbsp; &nbsp; I have calculated lateral diffusion cofficient of POPC bilayer which ran the simulation for 5ns. <BR>
The command line is<BR>
 *g_msd -f 5ns_popc.xtc -s .tpr -o msd.xvg -lateral z <BR>
 <BR>
 selected POPC system for calulation of msd<BR>
at the end of the run showed like this<BR>
<BR>
&quot;Used 501 restart points spaced 10 ps over 5000 ps<BR>
<BR>
Fitting from 500 to 4500 ps<BR>
<BR>
D[&nbsp; &nbsp; &nbsp; POPC] 0.0218 (+/- 0.0244) 1e-5 cm^2/s&quot;<BR>
<BR>
Could you please tell me <BR>
1. The input files I have given whether correct or not.<BR>
2. The 'D' value which got is correct or not?<BR>
3.what's the experimental value?<BR>
 <BR>
Thanks in advance.
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>