Hi,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I want to analysis of the deuterium order parameter of my system containing<br>dppc20-sm20-cholesterol20-<div id="1et3" class="ArwC7c ckChnd">water200tolerance3-bilayer50x50x54.pdb<br>
 &nbsp;0 System &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp;3180 atoms<br>
 &nbsp;1 DPPC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp;1000 atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp; tail 14 to 31 and 32 to 50<br>
 &nbsp;2 SM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp;1000 atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tail 14 to 32 and 33 to 50<br>
 &nbsp;3 CHOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp; 580 atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp; tail 22 to 29<br>
 &nbsp;4 SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; 600 atoms<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Now, I have able to determine the order parameter of only DPPC 128+ water 4000. <br>For this I have followed as instructed in previous mail i.e.<br>making of index file by<br>
&nbsp;make_ndx -f name.pdb<br>del 0-2<br>a C14<br>a C15<br>..<br>and so on.<br>Then,<br></div>g_order -f name.trr -n index.ndx -s topol.tpr -od<br><br>But, I have stuck when I my system contains DPPC, SM, CHOL and water (SOL). The problem is coming from the different numbering of different molecule( i.e. DPPC, SM, CHOL). As I see that for CHOL, there is only one tail starting from 22 to 29 whereas for DPPC, there are two&nbsp; tails starting from 14 to 31 &amp; 32 to 50. Therefore, it gives the following error:<br>
<br>Fatal error:<br>grp 1 does not have same number of elements as grp 1<br><br>I saw that the index file different number of atoms&nbsp;&nbsp; in each group as follows:<br>[ O14 ]<br>&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 64&nbsp; 114&nbsp; 164&nbsp; 214&nbsp; 264&nbsp; 314&nbsp; 364&nbsp; 414&nbsp; 464&nbsp; 514&nbsp; 564&nbsp; 614&nbsp; 664&nbsp; 714 <br>
&nbsp;764&nbsp; 814&nbsp; 864&nbsp; 914&nbsp; 964 <br>[ C15 ]<br>&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 65&nbsp; 115&nbsp; 165&nbsp; 215&nbsp; 265&nbsp; 315&nbsp; 365&nbsp; 415&nbsp; 465&nbsp; 515&nbsp; 565&nbsp; 615&nbsp; 665&nbsp; 715 <br>&nbsp;765&nbsp; 815&nbsp; 865&nbsp; 915&nbsp; 965 2015 2044 2073 2102 2131 2160 2189 2218 2247 2276 <br>2305 2334 2363 2392 2421 2450 2479 2508 2537 2566 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Again, I think that during the making of index file, I have overlap the counting of tails between DPPC and CHOL.<br><br>How can I overcome my problem and how to make indexfile for a system containg different types of molecules.&nbsp;&nbsp; <br>
Can answer my question clearly with mentioning the commands?<br>Sincerely,<br>Anirban<br><br>