<div>Hello all,<br><br>I am pulling a 17 amino acid peptide under constraint
pulling. Some details:<br><br>v = 0.01 nm/ps<br>dt = 0.002 ps<br>steps =
250000<br>total time = 500 ps<br><br>My question is:&nbsp; When generating the
water box for the simulation, I understand that the edge of the box should be
greater than half the cutoff distance.&nbsp; But because the peptide will be
stretched a distance of 5 nm by the end of the simulation, is it necessary that
the peptide be placed in a box that is &gt; 5nm from the edge of the box?&nbsp;
If my cutoff distance is 1.5 nm, will 0.8 nm be sufficient.&nbsp; i.e., which
of the below code would be appropriate.&nbsp; I AM using periodic boundary
conditions.<br><br><span style="font-style: italic;">editconf&nbsp; -f&nbsp;
E_min_protein.gro&nbsp; -o&nbsp; E_min_protein_box.gro&nbsp; -bt cubic&nbsp; -d
5.50</span>  <br><br>or<br><br style="font-style: italic;"><span
style="font-style: italic;">editconf&nbsp; -f&nbsp; E_min_protein.gro&nbsp;
-o&nbsp; E_min_protein_box.gro&nbsp; -bt cubic&nbsp; -d 0.80<br><span
style="font-style: italic;"><br></span></span>I have tried both
scenarios.&nbsp; The only problem I have is that if the protein is placed in a
water box whose edge is placed 5.5 nm from the protein, the simulation takes
almost 3 days and 60 Gb.&nbsp; Any tips on reducing the information in the
output file?&nbsp; Any help is appreciated.<span style="font-style:
italic;"><span style="font-style:
italic;"><br></span></span><br>______________________________<br><br>Venkatesh
Hariharan<br>Pennsylvania State University<br>Schreyer Honors
College<br>Undergraduate - Bioengineering<br><br>"You must be the change you
wish to see in the world."<br>--Mohandas Karamchand Gandhi<br><br><br></div>