<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
&nbsp; &nbsp;  I have read the literature about Diffusion cofficient(Dynamics in atomistic simulations of phospholipid membranes: Nuclear magnetic resonance relaxation rates and lateral diffusion, Vol-125, page-204703, Journal-THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS)<BR>
then I have given command like this<BR>
 g_msd -f 5ns_popc.xtc -s .tpr -n p4.ndx -o msd_popc.xvg -lateral z<BR>
In the index file i have selceted p8 for the centre of mass and it will be&nbsp; like this<BR>
[ P8 ]<BR>
&nbsp;  8&nbsp;  60&nbsp; 112&nbsp; 164 ......................<BR>
<BR>
I got the diffusion cofficient value like this <BR>
MSD gathered over 5000 ps with 501 restarts<BR>
# Diffusion constants fitted from time 500 to 4500 ps<BR>
# D[&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; P8] = 0.0131 (+/- 0.0190) (1e-5 cm^2/s) <BR>
<BR>
The actual D=(1-10)*10-7 cm2/s from above mentioned article but iam getting the value 1e-5 cm^2/s<BR>
<BR>
I have tried in different ways with options -type z but I didnt get the value near to actual value.<BR>
<BR>
Could you please tell me where I am doing mistake <BR>
<BR>
Thanks alot in advance.
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>