<div dir="ltr">Dear Users,<br><br>I have a question about separating a system into
energy groups. In my system, I have a metal atom and a few residues
close to the metal atom (catalytic center). I ran the simulation with
out any restraints. In the most representative structure, the catalytic
center is completely distorted. To keep the catalytic center as such I
am trying to freeze a few of the atoms. For this, I created an index
file with the required atoms to freeze and did added the following
lines to my .mdp file:<br>
<br>energygrps_excl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Test Test Test SOL<br>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Test<br>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Y Y Y <br><br>(Test is the name of the group of atoms for which I made the index file and these are the atoms I am freezing)<br>

<br>my .mdp file also contains the following line:<br><br>energygrps &nbsp; =&nbsp; Protein, Na, SOL<br><br>Now, my question is:<br><br>The
atoms which I defined in the energygrps_excl are present both in the
excluding group as well as in the energygrps. So under which group they
are exactly considered. <br>
<br>With these, I made the tpr file with the follwing command and the
simulation is running (though I didnt checked whether the freezed atom
positions are fixed or not):<br><br>grompp -f .mdp -c .pdb -p .top -n .ndx -o .tpr<br>
<br>Ram.&nbsp;  <br>&nbsp;  </div>