<div dir="ltr">Please search in the mailing list archive.<br>It&#39;s a problem of the g_wham and there was a fixed version from David Bostick of Scripps.<br><br>Chenyue<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 21, 2008 at 12:04 PM, crascgap &lt;<a href="mailto:crascgap@uol.com.br">crascgap@uol.com.br</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi everyone.<br>
<br>
I have exactly the same problem as user VENKATESH HARIHARAN from<br>
our gmx-user list.<br>
<br>
I am running this command to calculate the pmf:<br>
<br>
mdrun -s system.tpr -pi umbrella.ppa -po umbrella.1.0.0.ppa -pn index.ndx -pd umbrella.1.0.0.pdo -deffnm umbrella.1.0.0 -v &amp;<br>
<br>
And then I get this .pdo file:<br>
<br>
# UMBRELLA &nbsp;3.0<br>
# Component selection: 0 0 1<br>
# nSkip 1<br>
# Ref. Group &#39;POP&#39;<br>
# Nr. of pull groups 1<br>
# Group 1 &#39;Protein&#39; &nbsp;Umb. Pos. -8.028000 &nbsp;Umb. Cons. 250.000000<br>
#####<br>
0.000000 &nbsp; &nbsp;0.182068<br>
0.002000 &nbsp; &nbsp;0.182095<br>
0.004000 &nbsp; &nbsp;0.182115<br>
0.006000 &nbsp; &nbsp;0.182142<br>
0.008000 &nbsp; &nbsp;0.182212<br>
0.010000 &nbsp; &nbsp;0.182322<br>
0.012000 &nbsp; &nbsp;0.182435<br>
0.014000 &nbsp; &nbsp;0.182518<br>
0.016000 &nbsp; &nbsp;0.182584<br>
0.018000 &nbsp; &nbsp;0.182671<br>
0.020000 &nbsp; &nbsp;0.182799<br>
0.022000 &nbsp; &nbsp;0.182972<br>
and so on...<br>
<br>
When I try to g_wham (command line: g_wham umbrella.1.0.0.pdo -o pmf.xvg) from Gromacs 3.3 version I get this error message:<br>
<br>
&quot;Program g_wham, VERSION 3.3<br>
Source code file: gmx_wham.c, line: 90<br>
<br>
Fatal error:<br>
This does not appear to be a valid pdo file &quot;<br>
<br>
I will be very disappointed if this error is due to a bug in Gromacs.<br>
I have already tried &nbsp;to run g_wham with my .pdo file gziped (.pdo.gz) and still<br>
I get the same error msg.<br>
<br>
Does, please, any one knows what is going on ?<br>
What is a &quot;.pdo VALID file format&quot; then !!??<br>
<br>
There is much interest in literature nowadays for pmf calculations of<br>
biological systems !!!<br>
<br>
So, my problem today, could be your big problem tomorrow !!<br>
Let&#39;s try to solve this one for the goodness of this side of science.<br>
<br>
Thank you all in advance,<br>
Cristiano.<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>