<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=SV link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal>Hi all!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I am new to Gromacs and currently facing some
beginners problems. I want to create a urea and water solvent box, add protein
and cut the cubic box into a dodecahedron. <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I have been looking in the manual for
gromacs programs that can do some system building but cant really find what I
want in genbox and genconf and the others. <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>If I want to translate a protein within a
box, the protein has to be a separate file and then translate it with editconf?
No coordinate manipulation for just one residue? <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>How can I concatenate two coordinate files,
.gro or .pdb, and how can I renumber the residues when doing this? <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>How can I remove all solvent outside of the
dodecahedron from a cubic box?  In general, does gromacs have any molecule
selection commands to use for example to delete some molecules close to a
certain residue or so?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I am used to Charmm and when using constant
pressure algorithms the trajectory shows the fluctuating volume of the box. Have
those fluctuations been removed in Gromacs trajectories? <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Thank you<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Regards<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Matteus
Lindgren <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Graduate
student <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Department
of Chemistry<br>
Umeå University<br>
SE-901 87 Umeå, Sweden<br>
Tel: +46 (0)90 786 53 68<br>
e-mail: <a href="mailto:barbara.addario@chem.umu.se"><span style='color:blue'>matteus.lindgren@chem.umu.se</span></a><br>
<br>
</span><span lang=EN-US><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

</div>

</body>

</html>