<div>Hi,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I have been trying to follow the tutorial <a href="http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial">http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial</a>&nbsp;by David Mobley to reproduce the solvation energy for methane in water. I followed the instructions and got the solvation energy in good agreement with the answer in the tutorial. But I noticed that the fluctuation for every dgdl is very large. The numbers are attatched below. I have read the thread in the mailling list about the error thing: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-May/027333.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-May/027333.html</a>&nbsp;&nbsp; and <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-May/027237.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-May/027237.html</a>, but still I am very confused about the error and fluctuation. If the fluctuation is so large, how well can we trust the solvation energy we got? Thanks a lot in advance for your comment.</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp; dgdl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fluctuation</div>
<div>0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.713&nbsp;&nbsp; 11.426</div>
<div>0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.209&nbsp;&nbsp; 13.584</div>
<div>0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.534&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.920</div>
<div>0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-1.333&nbsp;&nbsp; 16.274</div>
<div>0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.944&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.264</div>
<div>0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.992&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.191</div>
<div>0.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -17.773&nbsp; 27.100</div>
<div>0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -28.915&nbsp;&nbsp; 25.747</div>
<div>0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.6079&nbsp; 14.5232</div>
<div>0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11.135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7.6318</div>
<div>1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0948&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.337</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Jianhui</div>
<div>Biocomputation and bioinformatics </div>
<div>Department of Physics</div>
<div>Rensselaer Polytechnic Institute</div>