<P>
&nbsp; <BR>
<BR>
Thank you Peyman<BR>
<BR>
On Thu, 24 Jul 2008 Peyman Yamin wrote :<BR>
&gt;On Thursday 24 July 2008 09:46, minnale wrote:<BR>
&gt; &gt; Hi users,<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; I have generated .gro file of protein by using .xtc file with trjconv<BR>
&gt; &gt; command after that i used pdb2gmx command for generating topology file<BR>
&gt; &gt; without any error. when I have inserted this protein into popc bilayer by<BR>
&gt; &gt; using genbox command i has deleted some of the water and popc molecules,<BR>
&gt; &gt; these residues i have mentioned in .top file but when i have used grompp<BR>
&gt; &gt; command its showing that Fatal error:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; Program grompp, VERSION 3.3.1<BR>
&gt; &gt; Source code file: grompp.c, line: 448<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Fatal error:<BR>
&gt; &gt; number of coordinates in coordinate file (2hel_popc7.6.gro, 12882)<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; does not match topology (2hel_noH1.top, 12832)<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; The same system which is protonated state of protein simulating without<BR>
&gt; &gt; generated .gro file by using trjconv command its running fine, But above<BR>
&gt; &gt; mentioned system (unprotonated state) showing some fatal error<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Couls you pls tell me some suggestion.<BR>
&gt; &gt; Thanks in advance<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;[ atoms ] section of the topology file lists and enumerates the atoms of your<BR>
&gt;molecule. this should correspond to that from the .gro file of the molecule.<BR>
&gt;in [ molecules ] part of the topology the number of the molecules should be<BR>
&gt;mentioned correctly.<BR>
&gt;<BR>
&gt;if you delete things from coordinate file, you should apply the proper change<BR>
&gt;to the topology as well.<BR>
&gt;<BR>
&gt;it seems you have more atoms in your gro than what is expected from the<BR>
&gt;topology file. might want to find out why :)<BR>
&gt;<BR>
&gt;Peyman<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;--<BR>
&gt;Peyman Yamin<BR>
&gt;Lehrstuhl fuer Thermische Verfahrenstechnik<BR>
&gt;Universitaet Erlangen-Nuernberg<BR>
&gt;Egerlandstr. 3<BR>
&gt;91058 Erlangen<BR>
&gt;Phone: +49(0) - 9131 - 85 27671<BR>
&gt;Mailto: peyman.yamin@cbi.uni-erlangen.de<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2212064_2204411/2207095/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2212064_2204411/creative_2207095.gif'  alt='Sharekhan'  border=0></a></td></TR></Table>