<P>
&nbsp; <BR>
I want to calculate order parameters of palmitoyl and oleyl chains of POPC which ran it for 5ns, so I have done below mentioned steps.<BR>
1. First I tried for Palmitoyl, so I made .ndx file by using make_ndx command and selected a C34|a 035|a C36.....a C50.<BR>
 In index file the palmitoyl chain selected like this C34_O35_C36......C50<BR>
<BR>
2. This index file feed to g_order command<BR>
&nbsp; &nbsp;  g_order -f .xtc -s .tpr -n palmit_ord.ndx -o order -od scd.xvg -unsat <BR>
&nbsp; This programming is running very slowly<BR>
Have I done any mistake here?<BR>
I would be thankful for your help <BR>
&nbsp;  
</P>
<br><br>