<div dir="ltr">hi, all<br><br>I have a query that how to do PCA which further includes plotting the displacement of each C-alpha along first eigenvector having largest eigenvalue. I read in many articles that this can be done using gromacs. I did my MD simutaion using charmm forcefield and NAMD. I have converted my dcd file trr and using g_covar covariance analysis. But i am not getting anything regarding relevant<br>
<br>Thanking in Anticipation<br><br clear="all"><br>-- <br>SUNITA GUPTA<br><br>
</div>