<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Hello,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>I am trying to convert a membrane-protein system from amber to gromacs using the script amb2gmx.pl (</FONT><A href="http://chemistry.csulb.edu/ffamber/tools.html"><U><FONT face="Times New Roman" color=#800080 size=3>http://chemistry.csulb.edu/ffamber/tools.html</FONT></U></A><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">).<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">It is the dry system, only the protein and a membrane composed by DOPC, whose parameters I have got from Gaff.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">When I try:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">./amb2gmx.pl --prmtop dry_system.top --crd dry_system.crd --outname dry_system_gmx<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I get an error related to the “*” symbols in the pdb (I have 253.000 atoms):<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">(…)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Argument " NATOM or " isn't numeric in multiplication (*) at ./amb2gmx.pl line 200, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Argument "NRES is to" isn't numeric in multiplication (*) at ./amb2gmx.pl line 201, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Argument "o big:" isn't numeric in multiplication (*) at ./amb2gmx.pl line 202, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">substr outside of string at ./amb2gmx.pl line 205, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Use of uninitialized value in addition (+) at ./amb2gmx.pl line 205, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">substr outside of string at ./amb2gmx.pl line 208, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Use of uninitialized value in addition (+) at ./amb2gmx.pl line 208, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">substr outside of string at ./amb2gmx.pl line 209, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Use of uninitialized value in addition (+) at ./amb2gmx.pl line 209, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">substr outside of string at ./amb2gmx.pl line 212, &lt;PDB&gt; line 1.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Is there a way to transform amber systems to gromacs in spite of the “*” symbols? Has anyone transformed this type of systems? How could I save the problem?<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Thank you very much for your help in advance,<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Rebeca García Fandiño<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Parc Cientific de Barcelona<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P><br /><hr />¿Quieres los emoticonos y guiños más divertidos? Descárgate Internet Explorer 7, y consigue contenidos exclusivos cada semana. ¡Gratis! <a href='http://www.vivelive.com/IEAK7' target='_new'>¿Quieres los emoticonos y guiños más divertidos?</a></body>
</html>