<P>
&nbsp; <BR>
Thanks Justin for your prompt reply with better suggestion <BR>
I have done like this<BR>
1.For index file<BR>
&nbsp; Selected&nbsp; <BR>
&nbsp; &gt; a C34<BR>
&nbsp; 3 34 :128 elements<BR>
&nbsp; then <BR>
&nbsp; &gt; a C36<BR>
&nbsp; 4 36 : 128 elements......<BR>
&nbsp; till C50( only C atoms) <BR>
so<BR>
index file contain<BR>
&nbsp; [C34]<BR>
&nbsp; atoms<BR>
&nbsp; [36]<BR>
&nbsp; atoms...[C50]<BR>
<BR>
2. then I have typed command like this<BR>
&nbsp;  g_order -f .xtc -s .tpr -o ord.xvg -od scd.xvg -n .ndx <BR>
&nbsp;  asked to select group<BR>
Group&nbsp; &nbsp;  0 (&nbsp;  System) has 14036 elements<BR>
Group&nbsp; &nbsp;  1 (&nbsp;  POPC) has&nbsp; 6656 elements<BR>
Group&nbsp; &nbsp;  2 (&nbsp; &nbsp; SOL) has&nbsp; 7380 elements<BR>
Group&nbsp; &nbsp;  3 (&nbsp; &nbsp;  C34) has&nbsp;  128 elements<BR>
Group&nbsp; &nbsp;  4 (&nbsp; &nbsp;  C36) has&nbsp;  128 elements<BR>
.<BR>
.<BR>
.<BR>
Group&nbsp; &nbsp; 18 (&nbsp; &nbsp; &nbsp;  C50) has&nbsp;  128 elements<BR>
<BR>
Group&nbsp; Select a group: 3<BR>
Selected 3: 'C34'<BR>
Reading frame&nbsp; &nbsp; 0 time&nbsp; &nbsp; 0.000&nbsp;  <BR>
Back Off! I just backed up sg-ang.xvg to ./#sg-ang.xvg.1#<BR>
<BR>
Back Off! I just backed up sk-dist.xvg to ./#sk-dist.xvg.1#<BR>
Last frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 25000 time 5000.000&nbsp;  <BR>
<BR>
gcq#189: &quot;Stay Tuned, We'll Be Right Back&quot; (CNN)&nbsp;  <BR>
<BR>
 have I done is correct?<BR>
<BR>
I have doubt that the mentioned -o and -od flags didnt generate .xvg file but without mentioning -Sk and -Sg flags .xvg got generated?<BR>
Can you clear this problem.<BR>
Thanks in advance.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
On Thu, 31 Jul 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;minnale wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp; I want to calculate order parameters of palmitoyl and oleyl chains of POPC which ran it for 5ns, so I have done below mentioned steps.<BR>
&gt;&gt;1. First I tried for Palmitoyl, so I made .ndx file by using make_ndx command and selected a C34|a 035|a C36.....a C50.<BR>
&gt;&gt;In index file the palmitoyl chain selected like this C34_O35_C36......C50<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;You need the index groups to specify each atom separately, and only include carbon atoms.&nbsp; Your index group will be something like:<BR>
&gt;<BR>
&gt;[ C34 ]<BR>
&gt;(atoms)<BR>
&gt;[ C36 ]<BR>
&gt;(atoms)<BR>
&gt;etc.<BR>
&gt;[ C50 ]<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;2. This index file feed to g_order command<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp;  g_order -f .xtc -s .tpr -n palmit_ord.ndx -o order -od scd.xvg -unsat<BR>
&gt;<BR>
&gt;There are no unsaturated carbons in a palmitoyl chain.<BR>
&gt;<BR>
&gt;-Justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  This programming is running very slowly<BR>
&gt;&gt;Have I done any mistake here?<BR>
&gt;&gt;I would be thankful for your help<BR>
&gt;&gt;&nbsp; <BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt;<BR>
&gt;-- ========================================<BR>
&gt;<BR>
&gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt;Virginia Tech<BR>
&gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;========================================<BR>

</P>
<br><br>