<P>
&nbsp; <BR>
Thanks Justin for your promt reply, whatever you told is correct, with same .xtc , .tpr , .ndx files I have used in gromacs version 3.3 It is working.<BR>
Thanks alot once again.<BR>
<BR>
&gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Thanks to Justin for his suggestion<BR>
&gt; &gt; I tried the way mentioned in http://wiki.gromacs.org/index.php/make_ndx.<BR>
&gt; &gt; I made index file with seperate groups and feed to g_order command<BR>
&gt; &gt; g_order -f .xtc -s .tpr -od scd.xvg -o ord -n .ndx<BR>
&gt; &gt; Group&nbsp; &nbsp; 0 (&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C34) has&nbsp; 128 elements<BR>
&gt; &gt; Group&nbsp; &nbsp; 1 (&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C36) has&nbsp; 128 elements<BR>
&gt; &gt; Group&nbsp; &nbsp; 2 (&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C37) has&nbsp; 128 elements<BR>
&gt; &gt; .<BR>
&gt; &gt; .<BR>
&gt; &gt; .<BR>
&gt; &gt; .<BR>
&gt; &gt; .<BR>
&gt; &gt; .<BR>
&gt; &gt; . and so on till Group&nbsp; &nbsp; 15 (&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C50) has&nbsp; 128 elements<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; here I am bit confused which group to select , and i selected 1 group?<BR>
&gt; &gt; Is it correct??<BR>
&gt; &gt; Any make me clear about this problem<BR>
&gt; &gt; Thanks in advance.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Which version of Gromacs are you using?&nbsp; I recall some weird behavior from<BR>
&gt;version 3.3.1(?) that I could never get around.&nbsp; Version 3.3, for example,<BR>
&gt;automatically recognizes all the groups in the index file and calculates the<BR>
&gt;order parameters along the chain.<BR>
&gt;<BR>
&gt;I don't know if 3.3.1(?) allows you to select multiple groups, but that's what<BR>
&gt;you'd be after - all the groups in the index should be part of the analysis.<BR>
&gt;<BR>
&gt;-Justin<BR>

</P>
<br><br>