<DIV>Hello,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After running an AFM or Constraint pull
simulation, I am looking to generate a force distance curve between the pulled
group and the reference group.&nbsp; Any suggestions on how to do this?&nbsp;
Currently I am doing it manually by generating a .pdb movie of the entire
pulling, and extracting the distance between the two groups via coordinates in
the .pdb at specified time points. I then compare the distance at that time
point with the force for that time point in the .pdo file.&nbsp; As you might
imagine, this is very time consuming.&nbsp; Does Gromacs have a command to do
this for you?&nbsp;
Thanks.<BR><BR>______________________________<BR><BR>Venkatesh
Hariharan<BR>Pennsylvania State University<BR>Schreyer Honors
College<BR>Undergraduate - Bioengineering<BR><BR>"You must be the change you
wish to see in the world."<BR>--Mohandas Karamchand Gandhi<BR><BR><BR></DIV>