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<body class='hmmessage'>
Hello,<BR>
I am trying to simulate a protein that has 2 chains (in a membrane, but the problem is in the protein). One of the chains of the protein has 416 residues and the other 421. I want to simulate it using the amber force field, so I have prepared the topology for each one of them and then converted them with amb2gmx.pl.<BR>
&nbsp;<BR>
When I do grompp of the complete system I can see that it is only considering 821 residues of the protein, and they should be 837!!:<BR>
&nbsp;<BR>
Opening library file /gpfs/projects/ub51/ub51077/GROMACS-4.0-DEV/share/gromacs/top/aminoacids.dat<BR>There are: 157455&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OTHER residues<BR>There are:&nbsp;&nbsp; 821&nbsp;&nbsp;&nbsp; PROTEIN residues<BR>There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DNA residues<BR>
&nbsp;<BR>
The problem is that the program considers residues HIE out of the protein (histidines):<BR>
&nbsp;<BR>
&nbsp; 0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 716705 atoms<BR>&nbsp; 1 Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 12658 atoms<BR>&nbsp; 2 Protein-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6344 atoms<BR>&nbsp; 3 C-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 821 atoms<BR>&nbsp; 4 Backbone&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2463 atoms<BR>&nbsp; 5 MainChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 3286 atoms<BR>&nbsp; 6 MainChain+Cb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4038 atoms<BR>&nbsp; 7 MainChain+H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4072 atoms<BR>&nbsp; 8 SideChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 8586 atoms<BR>&nbsp; 9 SideChain-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 3058 atoms<BR>&nbsp;10 Prot-Masses&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 12658 atoms<BR>&nbsp;11 Non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 704047 atoms<BR>&nbsp;12 HIE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 272 atoms<BR>&nbsp;13 dop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 238464 atoms<BR>&nbsp;14 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 464400 atoms<BR>&nbsp;15 Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 467 atoms<BR>&nbsp;16 Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 444 atoms<BR>&nbsp;17 Other&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 704047 atoms<BR><BR>
&nbsp;<BR>
I have tried to use both chains together and repeating the same, but the result is the same.<BR>
&nbsp;<BR>
What could I do? Anybody knows why there is a problem with HIE?<BR>
&nbsp;<BR>
Thank you very much in advance,<BR>
&nbsp;<BR>
Rebeca Garcia Fandiño<BR>
Parc Cientific de Barcelona<BR>
&nbsp;<BR>
<BR>&nbsp;<BR><br /><hr />¡Es tiempo de inaugurar tu piscina! Entra en Eventos e invita a todos tus amigos, crea paneles de discusión y sube las fotos más divertidas <a href='http://www.vivelive.com/eventos' target='_new'>Eventos</a></body>
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