<div dir="ltr">hello<br>I am working with protien 1PGB having 56 amino acids (practical tutorial from GROMACS web site) for its simulation using the flexilbe water.<br>the commands that i have run are :<br><br>At later stsges of MD simulations ( i.e after position restrained MD), I have been getting few errors which are as follow:<br>
---------------------------------------------------------------------------------------------------<br><b>./grompp –f run.mdp –p topol.top –c pr.gro –o run.tpr</b><br>&nbsp;followed by<br><b>./mdrun –v –deffnm run</b><br>Range checking error:<br>
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br>errors that give particles very high velocities you might end up with some<br>
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<br>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br>
energy seems reasonable before trying again.<br><br>Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 486 ]<br>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>this is my <u><i><b>run.mdp</b></i></u> file<br>integrator&nbsp; = md<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype = pme<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein non-protein<br>tau-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<br>ref-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298 298<br>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp; = 100<br>nstenergy&nbsp;&nbsp; = 100<br>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>what can i do in order to get rid of this error.<br>
your help is kindly needed. In case if i need to give more&nbsp; information, please write back<br><br>shiny chandy<br><br><br></div>