
<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

FONT-SIZE: 10pt;

FONT-FAMILY:Tahoma

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hello,<BR>

I am trying to equilibrate a protein+membrane system in Gromacs 4. The minimization went OK, but in the equilibration at constant pressure I got this error:<BR>

&nbsp;<BR>

&nbsp;<BR>

Fatal error:<BR>1 particles communicated to PME node 3 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group<BR>-------------------------------------------------------<BR>

"O My God, They Killed Kenny !" (South Park)<BR>

Error on node 15, will try to stop all the nodes<BR>Halting parallel program mdrun_mpi on CPU 15 out of 32<BR>

gcq#254: "O My God, They Killed Kenny !" (South Park)<BR>

[15] MPI Abort by user Aborting program !<BR>mx_finalize() called while some endpoints are still open.<BR>MX:s23c2b13:mx_finalize:error 20(errno=2):Busy<BR>srun: error: s23c2b13: task15: Exited with exit code 1<BR>MX:s23c2b06:Remote endpoint is closed, peer=00:60:dd:48:46:62 (s23c2b13:0)<BR>srun: error: s23c2b06: task11: Exited with exit code 1<BR>srun: error: s23c2b13: task[12-14]: Killed<BR>srun: Job Failed<BR>

&nbsp;<BR>

The calculations stops after 2000 steps:<BR>

&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>

&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.17238e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.06472e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.89810e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.82538e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.71263e+06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip. Position Rest.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp; -5.12910e+04&nbsp;&nbsp; -9.09326e+06&nbsp;&nbsp; -1.97121e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.69698e+06&nbsp;&nbsp; -3.91010e+06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)&nbsp; Cons. rmsd ()<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.12885e+06&nbsp;&nbsp; -1.78125e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.56627e+02&nbsp;&nbsp; -2.35301e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.99204e-05<BR>

&nbsp;<BR>

As input I use:<BR>

&nbsp;<BR>

title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EQUILIBRADO<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<BR>include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -I../top<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES_D -DPOSRES_P<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<BR>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<BR>;Berendsen temperature coupling is on<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein dop SOL_Na_Cl<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310<BR>; Pressure coupling<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Semiisotropic<BR>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<BR>tau-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.6E-5 4.6E-5<BR>ref-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 1.0<BR>;Generate velocities is on at 310 K<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<BR><BR>

Does anybody which could be the problem?<BR>

&nbsp;<BR>

Thank you very much for your help.<BR>

&nbsp;<BR>

Best wishes,<BR>

&nbsp;<BR>

Rebeca Garcia Fandiño<BR>

Parc Cientific de Barcelona<BR><BR>

<BR>&nbsp;<BR><br /><hr />¡Es tiempo de inaugurar tu piscina! Entra en Eventos e invita a todos tus amigos, crea paneles de discusión y sube las fotos más divertidas <a href='http://www.vivelive.com/eventos' target='_new'>Eventos</a></body>

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