<div dir="ltr">Hi There,<br><br>I am new to molecular dynamics and GROMACS.<br>While trying MD for 1XU9.pdb (pdbid) in the very 1st step on using the command....<br><br>&nbsp;pdb2gmx -f 1XU9.pdb -o 1XU9.gro -p 1XU9.top -i 1XU9.itp -vsite hydrogen -water spce<br>
<br>I got the following in the last of error.....<br>......<br>......<br>......<br>.......<br>N-terminus: NH3+<br>C-terminus: COO-<br>WARNING: atom CE2 not found in residue 270 while adding atom<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br>Source code file: genhydro.c, line: 304<br><br>Fatal error:<br>Atom CE2 not found in residue PHE270 while adding hydrogens<br>-------------------------------------------------------<br>&nbsp;I tried the same with different force field and water models, but getting the same error again and again.<br>
any suggestion will be highly appreciated.<br><br><br>With thanx,<br>Vivek<br><br></div>