<div dir="ltr">Thanx David and Tsjerk,<br>&nbsp; I tried the option given by Tsjerk on pdb file, then pdb2gmx command on sorted&nbsp; pdb file was giving the following error.<br>Sorting it all out...<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/<div dir="ltr">
ffG43a1.hdb<br>
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffG43a1-n.tdb<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffG43a1-c.tdb<br>Processing chain 1 &#39;A&#39; (2108 atoms, 601 residues)<br>There are 393 donors and 383 acceptors<br>

There are 533 hydrogen bonds<div class="Ih2E3d"><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br></div>Source code file: hizzie.c, line: 267<br><br>Fatal error:<br>Incomplete ring in HIS194<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>Here I am attaching the sorted.pdb file, it is having some amino acids inserted between some other amino acid as below<br>text from sorted pdb shows GLN and GLU are inserted in HIS<br><br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 793&nbsp; CD2 PHE A 129&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.911&nbsp; -9.897&nbsp;&nbsp; 3.599&nbsp; 1.00 43.21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 794&nbsp; CE1 PHE A 129&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.839 -11.242&nbsp;&nbsp; 5.997&nbsp; 1.00 41.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 795&nbsp; CE2 PHE A 129&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.911 -10.794&nbsp;&nbsp; 3.911&nbsp; 1.00 41.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 796&nbsp; CZ&nbsp; PHE A 129&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.874 -11.465&nbsp;&nbsp; 5.104&nbsp; 1.00 42.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 797&nbsp; N&nbsp;&nbsp; HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.739 -11.572&nbsp;&nbsp; 3.175&nbsp; 1.00 54.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 798&nbsp; CA&nbsp; HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.520 -12.688&nbsp;&nbsp; 2.246&nbsp; 1.00 55.63&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 799&nbsp; C&nbsp;&nbsp; HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.177 -13.421&nbsp;&nbsp; 2.474&nbsp; 1.00 55.34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

<span style="color: rgb(204, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79&nbsp; CD&nbsp; GLN A&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.099&nbsp; 10.312&nbsp; 47.238&nbsp; 1.00 69.55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; </span><br style="color: rgb(204, 0, 0);"><span style="color: rgb(204, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; CD&nbsp; GLU A&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.646&nbsp; 19.004&nbsp; 39.566&nbsp; 1.00 87.49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; </span><br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 800&nbsp; O&nbsp;&nbsp; HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.859 -13.049&nbsp;&nbsp; 1.913&nbsp; 1.00 56.40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 801&nbsp; CB&nbsp; HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.726 -13.659&nbsp;&nbsp; 2.201&nbsp; 1.00 56.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 802&nbsp; CG&nbsp; HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.542 -13.730&nbsp;&nbsp; 3.467&nbsp; 1.00 58.59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 803&nbsp; ND1 HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.249 -12.655&nbsp;&nbsp; 3.970&nbsp; 1.00 60.95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 804&nbsp; CD2 HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.828 -14.777&nbsp;&nbsp; 4.284&nbsp; 1.00 59.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 805&nbsp; CE1 HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.895 -13.022&nbsp;&nbsp; 5.066&nbsp; 1.00 60.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 806&nbsp; NE2 HIS A 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.657 -14.305&nbsp;&nbsp; 5.279&nbsp; 1.00 60.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 807&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ASP A 131&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.207 -14.462&nbsp;&nbsp; 3.285&nbsp; 1.00 54.76&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 808&nbsp; CA&nbsp; ASP A 131&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.954 -15.320&nbsp;&nbsp; 3.512&nbsp; 1.00 54.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 809&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ASP A 131&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.040 -15.548&nbsp;&nbsp; 4.997&nbsp; 1.00 51.90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp; OE1 GLN A&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.692&nbsp; 11.421&nbsp; 46.868&nbsp; 1.00 70.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; <br><br>Kindly suggest any way to correct the .pdb file so that it can be converted to .gro file<br>

<br>With Thanx,<br>Vivek</div><br><br><div class="gmail_quote">2008/8/12 Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Well,<br>
<br>
sed -ne &#39;{/^\(ATOM\|HETATM\)/{s/^\(.\{21\}\)\(.\)\(.*\)$/\2\1\2\3/;p}}&#39;<br>
file.pdb | sort | cut -b 2- &gt; sorted.pdb<br>
<br>
sort of seems to do the trick. But it will place the chainless things first.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
On Tue, Aug 12, 2008 at 3:13 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; vivek sharma wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi david,<br>
&gt;&gt; Thanx again, but I want to ask what changes need to be done there in such<br>
&gt;&gt; cases.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; The chain identifier needs to be continuous. &nbsp;That is, if you have atoms<br>
&gt; with chain identifiers like:<br>
&gt;<br>
&gt; A<br>
&gt; A<br>
&gt; B<br>
&gt; A<br>
&gt; C<br>
&gt; A<br>
&gt; A<br>
&gt;<br>
&gt; they should be re-written as:<br>
&gt;<br>
&gt; A<br>
&gt; A<br>
&gt; A<br>
&gt; A<br>
&gt; A<br>
&gt; B<br>
&gt; C<br>
&gt;<br>
&gt; This can be accomplished with some work in a simple text editor.<br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; With Thanx,<br>
&gt;&gt; Vivek<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 2008/8/12 David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>
&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;vivek sharma wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi David,<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks for the quick reply. My apologies for asking you again a<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;silly doubt as, I am doing this all for the first time. It will<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;be of great help if you can tell me how to do such correction<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;manually.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;with a text editor, like emacs, notepad or whatever.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;With Thanx,<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Vivek<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2008/8/12 David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; vivek sharma wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hello there,<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am trying to run pdb2gmx on 3bzu.pdb file and got the<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; following error<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Opening library file /usr/share/gromacs/top/<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ffG43b1.rtp<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Reading 3bzu.pdb...<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING: all CONECT records are ignored<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Read &#39;CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1; 6<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; BETA-HSD1&#39;, 8581 atoms<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Opening library file /usr/share/gromacs/top/xlateat.dat<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 26 out of 26 lines of xlateat.dat converted succesfully<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Analyzing pdb file<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Source code file: pdb2gmx.c, line: 878<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fatal error:<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Chain identifier &#39;A&#39; was used in two non-sequential blocks<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; (residue 1034, atom 7961)<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;as I am new to this field. I&#39;m finding it very difficult to<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; find the reason and rectify it.<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Any suggestion would be of great help......<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; This is a limitation in pdb2gmx. It expects the atoms in the<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;chain<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; A to be in sequence in the pdb file. You can manually sort<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the pdb<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; file on the chain identifier.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; With Thanx,<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Vivek<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; before posting!<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use<br>
&gt;&gt; the<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&gt;&gt; before<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; posting!<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp;------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;posting!<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Graduate Research Assistant<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div>--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
Junior UD (post-doc)<br>
Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>
Utrecht University<br>
Padualaan 8<br>
3584 CH Utrecht<br>
The Netherlands<br>
P: +31-30-2539931<br>
F: +31-30-2537623<br>
<div><div></div><div class="Wj3C7c">_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>