<div dir="ltr">Hi There,<br><br>For the error I mentioned in last mail I looked in the .rtp file and .pdb file for residue NDP. Following is the part of .pdb file showing atoms as PA, O1A etc <br><br>HETATM 8111&nbsp; PA&nbsp; NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.809&nbsp; -4.754&nbsp; 22.676&nbsp; 1.00 12.71
<br>HETATM 8112&nbsp; O1A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.106&nbsp; -4.137&nbsp; 23.158&nbsp; 1.00 11.98
<br>HETATM 8113&nbsp; O2A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.869&nbsp; -5.751&nbsp; 21.580&nbsp; 1.00 13.09
<br>HETATM 8114&nbsp; O5B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.010&nbsp; -5.348&nbsp; 23.937&nbsp; 1.00 12.91
<br>HETATM 8115&nbsp; C5B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.913&nbsp; -6.239&nbsp; 23.752&nbsp; 1.00 12.91
<br>HETATM 8116&nbsp; C4B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.493&nbsp; -6.754&nbsp; 25.120&nbsp; 1.00 10.44
<br>HETATM 8117&nbsp; O4B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.292&nbsp; -7.535&nbsp; 24.969&nbsp; 1.00 13.02
<br>HETATM 8118&nbsp; C3B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.588&nbsp; -7.667&nbsp; 25.612&nbsp; 1.00 10.90
<br>HETATM 8119&nbsp; O3B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.552&nbsp; -7.543&nbsp; 27.047&nbsp; 1.00 12.99
<br>HETATM 8120&nbsp; C2B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.086&nbsp; -9.053&nbsp; 25.407&nbsp; 1.00 12.38
<br>HETATM 8121&nbsp; O2B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.660 -10.046&nbsp; 26.246&nbsp; 1.00 13.11
<br>HETATM 8122&nbsp; C1B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.579&nbsp; -8.877&nbsp; 25.356&nbsp; 1.00 12.53
<br>HETATM 8123&nbsp; N9A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.817&nbsp; -9.905&nbsp; 24.673&nbsp; 1.00 11.65
<br>HETATM 8124&nbsp; C8A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.033 -10.388&nbsp; 23.429&nbsp; 1.00 10.38
<br>HETATM 8125&nbsp; N7A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.132 -11.360&nbsp; 23.119&nbsp; 1.00 11.50
<br>HETATM 8126&nbsp; C5A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.332 -11.498&nbsp; 24.179&nbsp; 1.00 10.26
<br>HETATM 8127&nbsp; C6A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.217 -12.337&nbsp; 24.568&nbsp; 1.00 11.19
<br>HETATM 8128&nbsp; N6A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.746 -13.251&nbsp; 23.689&nbsp; 1.00 12.10
<br>HETATM 8129&nbsp; N1A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.678 -12.169&nbsp; 25.805&nbsp; 1.00 11.24
<br>HETATM 8130&nbsp; C2A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.130 -11.262&nbsp; 26.690&nbsp; 1.00 10.83
<br>HETATM 8131&nbsp; N3A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.161 -10.439&nbsp; 26.428&nbsp; 1.00 10.06
<br>HETATM 8132&nbsp; C4A NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.776 -10.558&nbsp; 25.154&nbsp; 1.00 11.15
<br>HETATM 8133&nbsp; O3&nbsp; NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.769&nbsp; -3.631&nbsp; 22.173&nbsp; 1.00 12.62
<br>HETATM 8134&nbsp; PN&nbsp; NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.989&nbsp; -2.036&nbsp; 22.130&nbsp; 1.00 12.08
<br>HETATM 8135&nbsp; O1N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.430&nbsp; -1.526&nbsp; 23.461&nbsp; 1.00 11.89
<br>HETATM 8136&nbsp; O2N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.741&nbsp; -1.692&nbsp; 20.889&nbsp; 1.00 11.73
<br>HETATM 8137&nbsp; O5D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.467&nbsp; -1.533&nbsp; 21.886&nbsp; 1.00 12.66
<br>HETATM 8138&nbsp; C5D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.611&nbsp; -1.361&nbsp; 23.020&nbsp; 1.00 11.65
<br>HETATM 8139&nbsp; C4D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.298&nbsp; -0.748&nbsp; 22.582&nbsp; 1.00 11.67
<br>HETATM 8140&nbsp; O4D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.556&nbsp;&nbsp; 0.487&nbsp; 21.875&nbsp; 1.00 12.21
<br>HETATM 8141&nbsp; C3D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.548&nbsp; -1.649&nbsp; 21.637&nbsp; 1.00 11.97
<br>HETATM 8142&nbsp; O3D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.175&nbsp; -1.497&nbsp; 22.010&nbsp; 1.00 11.22
<br>HETATM 8143&nbsp; C2D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.579&nbsp; -0.984&nbsp; 20.290&nbsp; 1.00 12.02
<br>HETATM 8144&nbsp; O2D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.475&nbsp; -1.229&nbsp; 19.433&nbsp; 1.00 11.31
<br>HETATM 8145&nbsp; C1D NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.974&nbsp;&nbsp; 0.454&nbsp; 20.593&nbsp; 1.00 12.46
<br>HETATM 8146&nbsp; N1N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.714&nbsp;&nbsp; 1.092&nbsp; 19.529&nbsp; 1.00 11.43
<br>HETATM 8147&nbsp; C2N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.045&nbsp;&nbsp; 0.998&nbsp; 19.502&nbsp; 1.00 11.26
<br>HETATM 8148&nbsp; C3N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.724&nbsp;&nbsp; 1.599&nbsp; 18.453&nbsp; 1.00 10.05
<br>HETATM 8149&nbsp; C7N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.217&nbsp;&nbsp; 1.540&nbsp; 18.362&nbsp; 1.00 11.67
<br>HETATM 8150&nbsp; O7N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.756&nbsp;&nbsp; 2.105&nbsp; 17.403&nbsp; 1.00 11.17
<br>HETATM 8151&nbsp; N7N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.916&nbsp;&nbsp; 0.848&nbsp; 19.266&nbsp; 1.00 11.33
<br>HETATM 8152&nbsp; C4N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.022&nbsp;&nbsp; 2.270&nbsp; 17.471&nbsp; 1.00 10.99
<br>HETATM 8153&nbsp; C5N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.641&nbsp;&nbsp; 2.345&nbsp; 17.528&nbsp; 1.00 11.46
<br>HETATM 8154&nbsp; C6N NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.005&nbsp;&nbsp; 1.748&nbsp; 18.602&nbsp; 1.00 12.11
<br>HETATM 8155&nbsp; P2B NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.584 -11.626&nbsp; 25.952&nbsp; 1.00 13.18
<br>HETATM 8156&nbsp; O1X NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.540 -12.200&nbsp; 26.975&nbsp; 1.00 15.49
<br>HETATM 8157&nbsp; O2X NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.162 -12.049&nbsp; 26.180&nbsp; 1.00 13.31
<br>HETATM 8158&nbsp; O3X NDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.073 -11.835&nbsp; 24.534&nbsp; 1.00 13.10<br><br>......and following is the part of .rtp file for details of residue NDP<br><br>[ NDPH ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp; AP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.76000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;AO1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
&nbsp;AO2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;AO5*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.26000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp; NP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.76000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;NO1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;NO2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;NO5*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;AC5*&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;AC4*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp;AO4*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp;AC1*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.20000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp; AN9&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.20000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&nbsp; AC4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.20000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&nbsp; AN3&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
&nbsp; AC2&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&nbsp; AN1&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>&nbsp; AC6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>&nbsp; AN6&nbsp;&nbsp;&nbsp; NT&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.83000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>&nbsp;AH61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>&nbsp;AH62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>&nbsp; AC5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
&nbsp; AN7&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>&nbsp; AC8&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>&nbsp;AC2*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;AO2*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;AP2*&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.63000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;AO6*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;AO7*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
&nbsp;AO8*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;AH8*&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.39800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;AC3*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>&nbsp;AO3*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>&nbsp;AH3*&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.39800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>&nbsp;NC5*&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11<br>&nbsp;NC4*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12<br>
&nbsp;NO4*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12<br>&nbsp;NC1*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.20000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12<br>&nbsp; NN1&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.20000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>&nbsp; NC6&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.20000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>&nbsp; NC3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>&nbsp; NC4&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>
&nbsp; NC5&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>&nbsp; NC7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14<br>&nbsp; NO7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14<br>&nbsp; NN7&nbsp;&nbsp;&nbsp; NT&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.83000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15<br>&nbsp;NH71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15<br>&nbsp;NH72&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15<br>&nbsp;NC2*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16<br>
&nbsp;NO2*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16<br>&nbsp;NH2*&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.39800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16<br>&nbsp;NC3*&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17<br>&nbsp;NO3*&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17<br>&nbsp;NH3*&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.39800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17<br><br>are those file indicating some error like atom name are different in two files, is this the reason for my error or I have to think in some other way. <br>
Any advice would be of great help.<br><br>With Thanx,<br>Vivek<br><br><div class="gmail_quote">2008/8/13 vivek sharma <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:viveksharma.iitb@gmail.com">viveksharma.iitb@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Nahren,<br>Thanx for your help, I opened the pdb file with swisspdb viewer and then tried the pdb2gmx command over that pdb file and got the following error.<br>
<br>Total mass 28295.072 a.m.u.<br>Total charge 1.000 e<br>
Writing topology<br>Processing chain 5 &#39;E&#39; (372 atoms, 9 residues)<br>There are 0 donors and 0 acceptors<br>There are 0 hydrogen bonds<br>Warning: &#39;NDP&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;NDPH&#39;<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br></div>Source code file: pdb2gmx.c, line: 421<br><br>Fatal error:<br>Atom PA in residue NDPH 1 not found in rtp entry with 56 atoms<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms<br>-------------------------------------------------------<br><br>and the error for the all atom forcefield were as follow.<div class="Ih2E3d"><br><br>-------------------------------------------------------<br>

Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br></div>Source code file: resall.c, line: 436<br><br>Fatal error:<br>Residue &#39;NDP&#39; not found in residue topology database<br><br>-------------------------------------------------------<br>

&nbsp;<br><br>any advice for this will be of great help for me.<br><br>Thanx,<br>Vivek<br><br><div class="gmail_quote">2008/8/12 nahren manuel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meetnahren@yahoo.com" target="_blank">meetnahren@yahoo.com</a>&gt;</span><div>
<div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">

<div>Dear Vivek,</div>
<div>you just have to download swisspdb and open your pdb file. Thats all you got to do and It is more than enough. If you have more than 2/3 residues missing then, make sure the Ramachandran plots are fine. Also try a simple minimization before begining gromacs.</div>


<div>&nbsp;</div>
<div>nahren<br><br>--- On <b>Tue, 8/12/08, vivek sharma <i>&lt;<a href="mailto:viveksharma.iitb@gmail.com" target="_blank">viveksharma.iitb@gmail.com</a>&gt;</i></b> wrote:<br></div>
<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); padding-left: 5px; margin-left: 5px;">From: vivek sharma &lt;<a href="mailto:viveksharma.iitb@gmail.com" target="_blank">viveksharma.iitb@gmail.com</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Error in pdb2gmx.....Atom CE2 not found in residue PHE270 while adding hydrogens<br>

To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Date: Tuesday, August 12, 2008, 6:34 PM<div><div></div><div><br>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Hi David,<br>Thanx a lot again. can you please tell me the criteria or the standards to do such correction or can you suggest some link or tutorial for the same?<br>whether swiss pdb can help in such cases?<br>

<br>With Thanx,<br>Vivek<br><br><br><br>
<div class="gmail_quote">2008/8/12 David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" rel="nofollow" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>
<div></div>
<div>vivek sharma wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi There,<br><br>I am new to molecular dynamics and GROMACS.<br>While trying MD for 1XU9.pdb (pdbid) in the very 1st step on using the command....<br>

<br>&nbsp;pdb2gmx -f 1XU9.pdb -o 1XU9.gro -p 1XU9.top -i 1XU9.itp -vsite hydrogen -water spce<br><br>I got the following in the last of error.....<br>......<br>......<br>......<br>.......<br>N-terminus: NH3+<br>C-terminus: COO-<br>

WARNING: atom CE2 not found in residue 270 while adding atom<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br>Source code file: genhydro.c, line: 304<br><br>Fatal error:<br>

Atom CE2 not found in residue PHE270 while adding hydrogens<br>-------------------------------------------------------<br>&nbsp;I tried the same with different force field and water models, but getting the same error again and
 again.<br>any suggestion will be highly appreciated.<br></blockquote><br></div></div>You have an incorrect pdb file. An atom is missing. You have to fix it yourself.<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br><br>With thanx,<br>Vivek<br><br>------------------------------------------------------------------------<br>

<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" rel="nofollow" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" rel="nofollow" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote><br><br>_______________________________________________<br>

gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" rel="nofollow" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" rel="nofollow" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div></div><pre>_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></pre></div></div></blockquote></td></tr></tbody></table><br>



      <br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div></div></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>