<html>
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padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
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</head>
<body class='hmmessage'>
Thanks a lot for your suggestion.<BR>
What I was refering was to this post:<BR>
<BR><A href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2008-February/002378.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2008-February/002378.html</A><BR>
&nbsp;<BR>
"OR use the 3.3 grompp to produce the mdp files since it will automatically set the fourier grid to fit the number of processors."<BR>
&nbsp;<BR>
Sorry for not explaining it better. <BR>
&nbsp;<BR>
Anyway, in the new version of Gromacs, the -np option of grompp does not work, does it?<BR>
&nbsp;<BR>
I am new in Gromacs, and I am using a version installed in a common cluster. I don´t know if I could install your modificated version myself.<BR>
&nbsp;<BR>
If I use grompp from the my new version, and I only change fourier_nx and fourier_ny in the input .mdp file, would it be enough to create a correct mdp.out file that works.<BR>
&nbsp;<BR>
Best wishes,<BR>
&nbsp;<BR>
Rebeca García Fandiño<BR>
Parc Cientific de Barcelona<BR>
&nbsp;<BR>
<BR>&nbsp;<BR>

<HR>
<BR>
From: gmx3@hotmail.com<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: RE: [gmx-users] invalid number of nodes<BR>Date: Wed, 13 Aug 2008 14:52:30 +0200<BR><BR><BR>
<META content="Microsoft SafeHTML" name=Generator>
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{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}
</STYLE>

<DIV style="TEXT-ALIGN: left">Hi,<BR><BR>I don't understand your remark about the mdp file.<BR>Where on the wiki does it say something like this?<BR>The number of processors is never present in the mdp file.<BR><BR>Just use the new version of grompp.<BR>A week ago I have committed large changes to the CVS<BR>which make the tpr files much smaller and large simulations a bit more efficient.<BR></DIV><BR>Berk.<BR><BR>
<HR id=EC_EC_stopSpelling>
From: regafan@hotmail.com<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Date: Wed, 13 Aug 2008 11:51:56 +0000<BR>Subject: [gmx-users] invalid number of nodes<BR><BR>
<STYLE>
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</STYLE>

<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Hello,</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I want to simulate a membrane+proteína system&nbsp; (more than 700.000 atoms) with Gromacs 4 and I would like to use 512 proc.</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I am creating the mdp file with Gromacs 3, since I have read in the wiki that it was a good way to include the number or processors ins the mdp file for the new version.</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">For grompp with Gromacs 3.3 I amincluding this options <SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">in the input mdp file:</FONT></FONT></FONT></SPAN></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">fourierspacing<SPAN>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.12</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">fourier_nx<SPAN>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1024</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">fourier_ny<SPAN>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1024</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">fourier_nz<SPAN>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3></FONT></SPAN></P><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">but when I execute:</FONT></FONT></FONT></SPAN><BR>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">grompp -f equilibrado2.mdp -c equilibrado.gro -p para_equilibrado.top -o equilibrado2.tpr -n index.ndx -np 512</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I receive this error:</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">-------------------------------------------------------</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Program grompp, VERSION 3.3.3</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Source code file: grompp.c, line: 1021</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Fatal error:</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">invalid number of nodes 512</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">-------------------------------------------------------</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=PT-BR><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">When I had tried the same with 256 proc, using fourier_nx= fourier_ny=512, the correspondent error did not appear.</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Is there a limit of processors in Gromacs for grompp or which could be the problem?</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Thank you very much for your help in advance,</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><SPAN lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></SPAN></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Rebeca García Fandiño</FONT></P>
<P class=EC_EC_MsoNormal><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Parc Cientific of Barcelona</FONT></P><BR>
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