<P>
&nbsp; Hi everybody,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; My question is regarding the consequence of a mistake of mine.<BR>
 I wanted to run gromacs with &quot;charmm&quot; force field and &quot;tip3p&quot; water model. <BR>
I had posted a query as to how can I&nbsp; get the &quot;tip3p.gro&quot; file. I was suggested to equlibrate <BR>
the &quot;spc216.gro&quot; file for 1ns.<BR>
<BR>
However, what I did was that I equilibrated the &quot;spc216.gro&quot; file but while giving the <BR>
&quot;pdb2gmx&quot; command , I gave the option &quot;-water spc&quot;. I know this was extremely stupid on <BR>
my part.<BR>
<BR>
Thus now the water model selected is spc ie. it refers to &quot;spc.itp&quot; but uses the equlibrated <BR>
file &quot;spc216.gro&quot;<BR>
<BR>
Will this affect my simulation adversely? Please suggest as what can be the probable <BR>
consequences.<BR>
<BR>
Moreover while going through some of the tutorials such as &quot; Molecular Dynamics <BR>
Simulations&quot; by Erik R. Lindahl, I found that &quot;spc216.gro&quot; can be used for &quot;tip3p&quot;water <BR>
model, if we correctly select &quot;tip3p&quot; as the water model.<BR>
<BR>
I think if I choose &quot;tip3p&quot; as the water model and the equlibrated &quot;spc216.gro&quot; file , then I <BR>
should get thecorrect results.Is this so?<BR>
<BR>
Thanks in advance.<BR>
<BR>
Sarbani<BR>
<BR>
<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>