<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Hello,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I am doing a simulation of a membrane + protein using ffG53a6 in Gromacs.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">First I equilibrated at constant volume and then I changed to semi-isotropic pressure.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">This is my mdp file:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">title<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= EQUILIBRADO<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">cpp<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= /usr/bin/cpp<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">include<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= -I../top<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">define<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">constraints<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= all-bonds<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">integrator<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= md<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">dt<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.002<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nsteps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 100000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nstxout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nstvout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nstlog<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nstenergy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nstxtcout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">nstlist<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 10<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">ns_type<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= grid<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">rlist<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">coulombtype<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= PME<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">rcoulomb<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">vdwtype<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= cut-off<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">rvdw<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.4<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">pme_order<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 4<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">ewald_rtol<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>= 1e-5<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">optimize_fft<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= yes<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">;Berendsen temperature coupling is on<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=FR style="mso-ansi-language: FR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Tcoupl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= berendsen<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=FR style="mso-ansi-language: FR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">tau_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=FR style="mso-ansi-language: FR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">tc-grps<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= Protein DOPC SOL_NA+_CL-<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=FR style="mso-ansi-language: FR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">ref_t<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 310<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>310<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>310<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=FR style="mso-ansi-language: FR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">; Pressure coupling<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Pcoupl<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= Parrinello-Rahman<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Pcoupltype<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= Semiisotropic<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">tau-p<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">compressibility<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 4.6E-5 4.6E-5<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">ref-p<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0 1.0<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">;Generate velocities is on at 310 K<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">gen_vel<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= yes<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">gen_temp<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 310<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">gen_seed<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 173529<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">W</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">hen I did <o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">grompp -f equilibrado3.mdp -c equilibrado2.gro -p ionized_system.top -o equilibrado3.tpr -n index.ndx</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">mdrun -v -deffnm equilibrado3<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I got a Benchmark of :<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>NODE (s)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Real (s)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>(%)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Time:<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>38960.000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>38960.000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>100.0<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>10h49:20<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>(Mnbf/s)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>(GFlops)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>(ns/day)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>(hour/ns)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Performance:<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>93.815<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>25.746<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.444<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>54.111<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">(My system is very big, so the Benchmark is reasonable)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">The next I did was extending the calculation:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">tpbconv -s equilibrado3.tpr -f equilibrado3.trr -e equilibrado3.edr -n index.ndx -o equilibrado4.tpr -extend 200000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Surpringsingly, the calculation reached 504.722 steps (it should have stopped at 300.000 since I had done 100.000 and extended to 200.000 more!) and if I look at the benchmark <o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">I see:<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>NODE (s)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Real (s)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>(%)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Time: 172782.000 172782.000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>100.0<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1d23h59:42<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>(Mnbf/s)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>(GFlops)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>(ns/day)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>(hour/ns)<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Performance:<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>85.694<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>23.514<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>100.010<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.240<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">What is obviously incorrect.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Anybody knows what could be happening?<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Thank you very much in advance,<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style="mso-ansi-language: EN-GB"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Rebeca García Fandiño</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Parc Cientific of Barcelona</FONT></P><br /><hr />¡Es tiempo de inaugurar tu piscina! Entra en Eventos e invita a todos tus amigos, crea paneles de discusión y sube las fotos más divertidas <a href='http://www.vivelive.com/eventos' target='_new'>Eventos</a></body>
</html>