<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>This sounds like the bug in domdec.c that I fixed a month ago:<br>revision 1.146<br></div>date: 2008/07/11 12:09:43;&nbsp; author: hess;&nbsp; state: Exp;&nbsp; lines: +307 -193<br>fixed incorrect computation of the PME coordinate communication range with dlb and change some formatting<br><br>Is your version from before that date?<br><br>Berk.<br><br><br><hr id="EC_stopSpelling">From: regafan@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Tue, 12 Aug 2008 17:15:59 +0000<br>Subject: [gmx-users] error: 1 particles communicated to PME node 3 (...)<br><br>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">
<style>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}
</style>


Hello,<br>
I am trying to equilibrate a protein+membrane system in Gromacs 4. The minimization went OK, but in the equilibration at constant pressure I got this error:<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
Fatal error:<br>1 particles communicated to PME node 3 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group<br>-------------------------------------------------------<br>
"O My God, They Killed Kenny !" (South Park)<br>
Error on node 15, will try to stop all the nodes<br>Halting parallel program mdrun_mpi on CPU 15 out of 32<br>
gcq#254: "O My God, They Killed Kenny !" (South Park)<br>
[15] MPI Abort by user Aborting program !<br>mx_finalize() called while some endpoints are still open.<br>MX:s23c2b13:mx_finalize:error 20(errno=2):Busy<br>srun: error: s23c2b13: task15: Exited with exit code 1<br>MX:s23c2b06:Remote endpoint is closed, peer=00:60:dd:48:46:62 (s23c2b13:0)<br>srun: error: s23c2b06: task11: Exited with exit code 1<br>srun: error: s23c2b13: task[12-14]: Killed<br>srun: Job Failed<br>
&nbsp;<br>
The calculations stops after 2000 steps:<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>
&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.17238e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.06472e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.89810e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.82538e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.71263e+06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip. Position Rest.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<br>&nbsp;&nbsp; -5.12910e+04&nbsp;&nbsp; -9.09326e+06&nbsp;&nbsp; -1.97121e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.69698e+06&nbsp;&nbsp; -3.91010e+06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)&nbsp; Cons. rmsd ()<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.12885e+06&nbsp;&nbsp; -1.78125e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.56627e+02&nbsp;&nbsp; -2.35301e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.99204e-05<br>
&nbsp;<br>
As input I use:<br>
&nbsp;<br>
title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EQUILIBRADO<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -I../top<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES_D -DPOSRES_P<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>;Berendsen temperature coupling is on<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein dop SOL_Na_Cl<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310<br>; Pressure coupling<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Semiisotropic<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>tau-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 1.0<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.6E-5 4.6E-5<br>ref-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 1.0<br>;Generate velocities is on at 310 K<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br><br>
Does anybody which could be the problem?<br>
&nbsp;<br>
Thank you very much for your help.<br>
&nbsp;<br>
Best wishes,<br>
&nbsp;<br>
Rebeca Garcia Fandiño<br>
Parc Cientific de Barcelona<br><br>
<br>&nbsp;<br><br><hr>¡Es tiempo de inaugurar tu piscina! Entra en Eventos e invita a todos tus amigos, crea paneles de discusión y sube las fotos más divertidas <a href="http://www.vivelive.com/eventos" target="_blank">Eventos</a>
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