<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi Ran, <br><br>I tried to use g_clustsize as you suggest me but I had problems, for example in the case of a simulation where I put 4 monomers inside water box I did an index that contain the following groups<br><br>Select group for least squares fit and RMSD calculation:<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 51129 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AMB) has&nbsp;&nbsp; 312 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has 50817 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; r_1) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; r_2) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78
 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; r_3) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; r_4) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78 elements<br>&nbsp;<br>then I tried <br><br>g_clustsize -f md_water_300.trr -mol -n index.ndx -cut 0.7 -s md_water_300.tpr<br><br>(0.7 nm is the average distance between mass centers of each monomer) <br><br>&nbsp;but I have the following message<br><br><span style="font-weight: bold;">trn version: GMX_trn_file (single precision)</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; Reading file md_water_300.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Reading file md_water_300.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)</span><br
 style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Using molecules rather than atoms. Not reading index file index.ndx</span><br><br>and then, the program read the fragments of trajectory file but finish with an error<br><br><span style="font-weight: bold;">Last frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 120 time 6000.000&nbsp;&nbsp; </span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">cmid: 1, cmax: 1, max_size: 17032</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">-------------------------------------------------------</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Program g_clustsize, VERSION 3.3.1</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Source code file: matio.c, line: 532</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Fatal error:</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">-------------------------------------------------------</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">"She's a Good Sheila Bruce" (Monty Python)</span><br><br><br>do you know what is my error?? my other question is about&nbsp; group&nbsp; that i should select (AMB is the group that contain 4 monomers) or should i need select one of the groups that contain only one monomer?<br><br>thanks<br><br>ROGELIO HERNANDEZ<br><br>--- El <b>jue 14-ago-08, Ran Friedman <i>&lt;r.friedman@bioc.uzh.ch&gt;</i></b> escribió:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">De:: Ran Friedman &lt;r.friedman@bioc.uzh.ch&gt;<br>Asunto: Re: [gmx-users] about size of group of monomers vs time<br>A:
 rahl_emc@yahoo.com.mx, "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Fecha: jueves, 14 agosto, 2008, 1:55 am<br><br><div id="yiv443869561">


  
  <title></title>
Hi,<br>
<br>
check out g_clustsize<br>
<br>
Ran.<br>
<br>
Rogelio Hernández wrote:
<blockquote type="cite">
  <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
    <tbody>
      <tr>
        <td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">
        <div id="yiv841735054">
        <pre><tt><tt>Hi users<br><br>I am modeling the aggregation of an amphoteric molecule in aqueous media, and to analyze the trajectories, <br>I want to plot the number of monomers in the aggregates vs time and the kind of groups because in some trajectories i have dimers and monomers, or dimers and trimers and so on<br><br>Is there any program in Gromacs to do this?</tt></tt><br>        </pre>
thanks in advance<br>
        <br>
ROGELIO HERNANDEZ<br>
        </div>
        </td>
      </tr>
    </tbody>
  </table>
</blockquote>
<br>
 
</div></blockquote></td></tr></table><br>__________________________________________________<br>Correo Yahoo!<br>Espacio para todos tus mensajes, antivirus y antispam ¡gratis! <br>Regístrate ya - http://correo.yahoo.com.mx/