<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear all,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am making "drg+lipid" simulations with gmx. From the 9 series of experiments all of them worked fine for 250 ps equilubration run. However, when I start the real simulation, 4 of them stopped after 300 ps (I have setted the simualtion time to 2.5 ns). It complains the LINCS warning. "relative constraint deviation after LINC".</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>All the systems are very similar, just different conformations of drug. So, I can not see any reason why some of them are working fine and some of them not.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I attached the last steps of log file and used mdp file.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thank you very much in advance for solution suggestions.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Serdar Durdagi</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>
<DIV>title = CB1_conf_a MD</DIV>
<DIV>cpp = /usr/bin/cpp</DIV>
<DIV>constraints = all-bonds</DIV>
<DIV>integrator = md</DIV>
<DIV>dt = 0.002 ; ps !</DIV>
<DIV>nsteps = 1250000 </DIV>
<DIV>nstcomm = 1</DIV>
<DIV>nstxout = 500 </DIV>
<DIV>nstvout = 0</DIV>
<DIV>nstfout = 0</DIV>
<DIV>nstlog = 500</DIV>
<DIV>nstlist = 10</DIV>
<DIV>ns_type = grid</DIV>
<DIV>rlist = 1.0</DIV>
<DIV>coulombtype = PME</DIV>
<DIV>rcoulomb = 1.0</DIV>
<DIV>vdwtype = cut-off</DIV>
<DIV>rvdw = 1.4</DIV>
<DIV>fourierspacing = 0.12</DIV>
<DIV>fourier_nx = 0</DIV>
<DIV>fourier_ny = 0</DIV>
<DIV>fourier_nz = 0</DIV>
<DIV>pme_order = 4</DIV>
<DIV>ewald_rtol = 1e-5</DIV>
<DIV>optimize_fft = yes</DIV>
<DIV>; Berendsen temperature coupling is on</DIV>
<DIV>Tcoupl = berendsen</DIV>
<DIV>tau_t = 0.1 0.1 0.1 </DIV>
<DIV>tc-grps = DPP C6 SOL</DIV>
<DIV>ref_t = 300 300 300</DIV>
<DIV>; Pressure coupling is on</DIV>
<DIV>Pcoupl = no</DIV>
<DIV>tau_p = 0.5</DIV>
<DIV>compressibility = 4.5e-5</DIV>
<DIV>ref_p = 1.0</DIV>
<DIV>Generate velocities is on at 300 K.</DIV>
<DIV>gen_vel = yes</DIV>
<DIV>gen_temp = 300.0</DIV>
<DIV>gen_seed = 173529</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 166500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 333.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.006301&nbsp;&nbsp; 4163&nbsp;&nbsp; 4164&nbsp;&nbsp; 0.001222<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000144&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 0.000006</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.08817e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.92391e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.33679e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.48481e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.18752e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.33953e+04&nbsp;&nbsp; -6.78212e+03&nbsp;&nbsp; -2.28400e+03&nbsp;&nbsp; -1.91715e+05&nbsp;&nbsp; -1.13117e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp; -2.79825e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.07337e+04&nbsp;&nbsp; -2.39091e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 3.03482e+02&nbsp;&nbsp; -3.62649e+02</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 167000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 334.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.006221&nbsp;&nbsp; 2094&nbsp;&nbsp; 2095&nbsp;&nbsp; 0.001243<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000050&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 0.000004</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.11706e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.98252e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.26699e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.75113e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.34753e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.30631e+04&nbsp;&nbsp; -7.42424e+03&nbsp;&nbsp; -2.27672e+03&nbsp;&nbsp; -1.89582e+05&nbsp;&nbsp; -1.12967e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp; -2.78044e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.95852e+04&nbsp;&nbsp; -2.38459e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2.94925e+02&nbsp;&nbsp; -2.05298e+02</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 167500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 335.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.005474&nbsp;&nbsp;&nbsp; 693&nbsp;&nbsp;&nbsp; 694&nbsp;&nbsp; 0.001211<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000078&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 0.000004</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.10570e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.92074e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.41756e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.52792e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.27318e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.29374e+04&nbsp;&nbsp; -7.77397e+03&nbsp;&nbsp; -2.27790e+03&nbsp;&nbsp; -1.89057e+05&nbsp;&nbsp; -1.13016e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp; -2.78166e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.01726e+04&nbsp;&nbsp; -2.37993e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2.99302e+02&nbsp;&nbsp; -2.13536e+02</DIV>
<DIV><BR>Step 167969, time 335.938 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max inf (between atoms 3 and 4) rms inf<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 31.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.1802&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 71.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 2265021108479420332760918618026182082596758987575428182455396865361974544095646526528815104.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 84.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 18122984199645729100337329541298157025024538645594811987064424745522897956771954290799411200.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 86.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 119175309066877201840333474141339178556441000114517345446131726568065607288857704216068620288.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 83.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 319516206321530845988576783668094567874060447793487769269077323346592450103529992297220407296.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1852 1215659572675149285233162397268999839681310750651580520597516723093456091315807918022002212864.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1852<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3827 261046278995437240163010555897466446819104052294790175823713013006178876940639100930185232384.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.3827<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 85.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1222 708122676010602206123407194621458163923965667621590605923744064304768598320784768943452585984.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1222<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 89.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1830 1464090871981283196025364104977632977506718699519384307354293090385664459392658757834091003904.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1830<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 89.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 1642496700465256611058147631762101542391865462505379007077289495407248437142902530819236036608.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1830 756767949452499811070392082343079516984060143555343448612396645526001354011557126580748681216.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1830<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 93.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390 1675013654744810844287719234237265294947410972536560437889789182123995586451476744156309618688.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 85.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390 329283409277106964914359855618901648092274440312854462821854172823229415900192821585052172288.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 92.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390 704336240987254356289474657410431622881423034652003910924693084338836951238889120976668196864.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 99.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390 379860931583656159501355512782081590450061932169874874128503353575000723021905332351770034176.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4429 206242205098337185268222500120712681530171088335436475613630821288724906666004435554722119680.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4429<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 91.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390 398684384369289490166841022015490990129049715188945258148097433284725455687338625841045176320.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; 124.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1435 5471440768467994537804435788744902781374726537963888385752468854524825194082290680987648000.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1435<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 78.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 1217841628171641512793797538386485535450621055372659463190106114383330186479756409921601536.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 80.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 1217841628171641512793797538386485535450621055372659463190106114383330186479756409921601536.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; 113.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 4056018304815038460726471748512358923224231361828694303945468971580026881584083840777846784.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; 104.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 5069114535236862410529809697539370521064020867182026484700468134800923155949405760991002624.00</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Sie sind Spam leid? Yahoo! Mail verfügt über einen herausragenden Schutz gegen Massenmails. <br>http://mail.yahoo.com