<font face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'">Dear colleagues,<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; I thank Justin for your suggesting me the distance restraints.So, if I want to impose a distance restraint for 11.28 A between two atoms 4811 and 4812, I would include the following lines in the topology file.<br><br>[distance_restraints]<br>;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp; &nbsp;&nbsp; type index&nbsp; type' &nbsp; low&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up1&nbsp;&nbsp;&nbsp; up2 &nbsp; &nbsp;&nbsp; fac<br>4811 4812&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.28&nbsp; 11.38&nbsp; 11.48&nbsp; 1.0<br><br>I am skeptical about low, up1 and up2 values. I used 11.28 as value for low, as this is the distance I want the the two atoms be far off. Up1 and up2 values, I added randomly 0.1 and 0.2 respectively to the low value. Let me know,&nbsp; if I am correct.<br><br>regards,<br>Prema.<br><br>Date: Thu, 14 Aug 2008 18:43:54 -0400<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Imposing distance restraints between two<br>        residues<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Message-ID: &lt;48A4B52A.80800@vt.edu&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>Maybe you would be more interested in a distance *restraint*?&nbsp; Note that <br>constraints and restraints mean different things in Gromacs.&nbsp; The relevant <br>manual section is 4.3, with a specific example of how to use distance restraints <br>on p. 61.<br><br>-Justin<br><br>plmallip@mail.uh.edu wrote:<br>&gt; Dear colleagues,<br>&gt; <br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I want to impose simple distance constraint between the two <br>&gt; ends of the same protein with missing residues in between. As I went <br>&gt; through the manual I found I can use "constraints type 2" fixes the <br>&gt; distance without connecting atoms by a chemical bond.<br>&gt; <br>&gt; Manual shows this example for O-H and H-H distances<br>&gt; <br>&gt; [ settles ]<br>&gt; <br>&gt; ; OW funct doh dhh<br>&gt; <br>&gt; 1 1 0.1 0.16333<br>&gt; <br>&gt; [ exclusions ]<br>&gt; <br>&gt; 1 2 3<br>&gt; <br>&gt; 2 1 3<br>&gt; <br>&gt; 3 1 2<br>&gt; <br>&gt;&nbsp;&nbsp; How can I do this for e.g. between two CA of the residues. Also, do <br>&gt; you suggest SHAKE or LINCS for this purpose? If you can give an example <br>&gt; for residues, just like the one above for water, that would be great. <br>&gt; Thanks in advance for any kind of suggestion in this regard.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; warm regards,<br>&gt; Prema,<br>&gt; Graduate student,<br>&gt; UOH.</font>