<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hello,<BR>
I would like to transform to pdb a .gro file I have obtained from an equilibration in Gromacs. I have tried directly with editconf:<BR>
&nbsp;<BR>
editconf -f equilibrated.gro -o equilibrated.pdb<BR>
&nbsp;<BR>
but the lipids of my membrane appear divided due to PBC.<BR>
&nbsp;<BR>
Then I have tried:<BR>
&nbsp;<BR>
&nbsp;editconf -f equilibrated.gro -o equilibrated.pdb -pbc<BR>
&nbsp;<BR>
and they don´t divide, but the membrane and protein are in a side and the water and ions in the other side. They are not where they should be.<BR>
How could I convert a .gro file to a .pdb with no PBC and in the right place, like the output file of a NAMD or AMBER program?<BR>
&nbsp;<BR>
Thank you very much for your help in advance,<BR>
&nbsp;<BR>
Rebeca García Fandiño<BR>
Parc Cientific of Barcelona<BR><br /><hr />¡Es tiempo de inaugurar tu piscina! Entra en Eventos e invita a todos tus amigos, crea paneles de discusión y sube las fotos más divertidas <a href='http://www.vivelive.com/eventos' target='_new'>Eventos</a></body>
</html>