<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
&nbsp; &nbsp;  I intersted in analysing secondary structure of protein by using VMD and performed these steps.<BR>
1. First loaded min.gro file and corresponding min.xtc then all&nbsp;  equalibration .xtc files till here MD movie has run fine.<BR>
2. I had long trajectory in a single file, so cut it down into subtrajectories with 1ns interval by using *trjconv command and issued like this<BR>
&nbsp; trjconv -f .xtc -o 1ns.xtc -s .tpr -b 0 -e 1000 <BR>
&nbsp; selected system, it showed <BR>
<BR>
Fatal error:<BR>
Index[2725] 2726 is larger than the number of atoms in the trajectory file (2725)<BR>
<BR>
Could you please give me suggestion if any one have experienced this type of problem<BR>
Thanks in advance.
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>